PDB-1m3s: Crystal structure of YckF from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1m3s

タイトル

Crystal structure of YckF from Bacillus subtilis

要素

Hypothetical protein yckf

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phospho-3-hexuloisomerase / hexulose-6-phosphate isomerase activity / formaldehyde assimilation via ribulose monophosphate cycle / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Sanishvili, R. / Wu, R. / Kim, D.E. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of Bacillus subtilis YckF: structural and functional evolution.
著者: Sanishvili, R. / Wu, R. / Kim, D.E. / Watson, J.D. / Collart, F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2002年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1m3s.cif.gz	84.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1m3s.ent.gz	65.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1m3s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1m3s_validation.pdf.gz	374.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1m3s_full_validation.pdf.gz	376.6 KB	表示
XML形式データ	1m3s_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	1m3s_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/1m3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/1m3s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1viv-2 1dd8-1 2byz-2 1vim-d 3c1o-2 2bz3-2 2aq7-1 1xhv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC1056

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein yckf

B: Hypothetical protein yckf

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein yckf

B: Hypothetical protein yckf

A: Hypothetical protein yckf

B: Hypothetical protein yckf

ソフトウェアが定義した集合体
80.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Hypothetical protein yckf

B: Hypothetical protein yckf

ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.080, 72.080, 245.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Hypothetical protein yckf 分子量: 20042.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YckF / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P42404
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.45 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, Na cacodylate, Ca acetate, Glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	14 %	PEG8000	1	reservoir
3	80 mM	sodium cacodylate	1	reservoir	pH6.5
4	160 mM	calcium acetate	1	reservoir
5	20 %	glycerol	1	reservoir

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	110	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.9795, 0.9793, 0.9537
シンクロトロン	APS	19-ID	2	1.0332

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
CUSTOM-MADE	1	CCD	2002年3月17日	Sagitally focusing double crystal monochromator and vertically focusing mirror
CUSTOM-MADE	2	CCD	2002年6月7日	Sagitally focusing double crystal monochromator and vertically focusing mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	MAD	M	x-ray	1
2	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9793	1
3	0.9537	1
4	1.0332	1

反射

解像度: 1.95→60 Å / Num. all: 28687 / Num. obs: 28572 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 31.6

反射シェル

解像度: 1.95→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2457 / R_sym value: 0.468 / % possible all: 100

反射

*PLUS

最低解像度: 60 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
dtDisplay		データ収集
HKL-2000		データ削減
CNS		精密化
d*TREK		データスケーリング
d*TREK		データ削減
DTDISPLAY		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.95→62.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.878 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22493	1389	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18708	-	-	-
all	0.18897	28572	-	-
obs	0.18897	26023	95.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.524 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	0.23 Å²	0 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→62.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2807	0	0	205	3012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.021	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.814	1.967	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.176	3	6209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.646	5	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.146	15	543
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.246	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.284	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.207	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.129	1.5	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.875	2	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.941	3	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.486	4.5	917

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.269	101
R_work	0.202	1745

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5311	0.227	0.0972	1.831	0.3202	2.666	0.1483	0.04	0.3375	-0.1638	-0.0291	-0.2212	-0.3502	0.1268	-0.1192	0.188	-0.0354	0.0849	0.0094	0.0001	0.1331	16.1916	51.8158	16.3063
2	3.3124	0.4034	-0.4512	1.3045	-0.1724	1.6703	0.1409	0.2074	-0.4953	-0.2093	-0.0337	0.01	0.3463	0.0926	-0.1073	0.2748	0.0418	-0.0494	0.0406	-0.0601	0.1784	13.0884	18.3364	8.9573
3	1.0395	0.1262	0.0962	1.1398	0.1678	0.8797	0.11	0.0873	-0.0222	-0.2398	-0.0561	-0.0435	-0.038	-0.0066	-0.0539	0.2486	-0.0022	0.0224	0.2028	0.0073	0.232	13.8071	35.711	12.5807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 185	1 - 186
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 185	1 - 186
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A - B	A - B	186 - 203	1 - 279

精密化

*PLUS

最低解像度: 62 Å / R_factor R_free: 0.224 / R_factor R_work: 0.189

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 2 Å / R_factor R_work: 0.201

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)