[日本語] English
万見
- PDB-1m39: Solution structure of the C-terminal fragment (F86-I165) of the h... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m39
タイトルSolution structure of the C-terminal fragment (F86-I165) of the human centrin 2 in calcium saturated form
要素Caltractin, isoform 1
キーワードCELL CYCLE / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


XPC complex / 9+2 motile cilium / photoreceptor connecting cilium / heterotrimeric G-protein binding / transcription export complex 2 / nuclear pore nuclear basket / centriole replication / glial cell projection / mRNA transport / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins ...XPC complex / 9+2 motile cilium / photoreceptor connecting cilium / heterotrimeric G-protein binding / transcription export complex 2 / nuclear pore nuclear basket / centriole replication / glial cell projection / mRNA transport / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / regulation of cytokinesis / nucleotide-excision repair / DNA Damage Recognition in GG-NER / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / microtubule cytoskeleton organization / Formation of Incision Complex in GG-NER / apical part of cell / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / protein transport / mitotic cell cycle / microtubule binding / spermatogenesis / ciliary basal body / cell division / centrosome / calcium ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...: / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, restraint energy minimization
データ登録者Matei, E. / Miron, S. / Blouquit, Y. / Duchambon, P. / Durussel, P. / Cox, J.A. / Craescu, C.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: C-terminal half of human centrin 2 behaves like a regulatory EF-hand domain
著者: Matei, E. / Miron, S. / Blouquit, Y. / Duchambon, P. / Durussel, P. / Cox, J.A. / Craescu, C.T.
履歴
登録2002年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Caltractin, isoform 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3911
ポリマ－10,3911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 76structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Caltractin, isoform 1 / Centrin 2


分子量: 10390.689 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminus (Residues 84-172) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEN2 / プラスミド: pET24a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41208

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細内容: LC-HsCen2 M84-Y172; Tris d11 20 mM buffer;100 mM NaCl; 93% H2O, 7% D2O
溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DGIII2000Accelrys構造決定
DiscoverI2000Accelrys精密化
精密化手法: distance geometry, restraint energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on 1103 NOE restraints, 35 hydrogen bond restraints and 103 dihedral restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 76 / 登録したコンフォーマーの数: 25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る