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万見
- PDB-1m2d: Crystal structure at 1.05 Angstroms resolution of the Cys59Ser va... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m2d
タイトルCrystal structure at 1.05 Angstroms resolution of the Cys59Ser variant of the thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin from Aquifex aeolicus
要素[2Fe-2S] ferredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / ferredoxin / thioredoxin-like fold / [2Fe-2S] cluster / Cys59Ser variant
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin, 2Fe-2S
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Yeh, A.P. / Ambroggio, X.I. / Andrade, S.L.A. / Einsle, O. / Chatelet, C. / Meyer, J. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: High-resolution crystal structures of the wild type and Cys-55-->Ser and Cys-59-->Ser variants of the thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin from Aquifex aeolicus
著者: Yeh, A.P. / Ambroggio, X.I. / Andrade, S.L.A. / Einsle, O. / Chatelet, C. / Meyer, J. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of a thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin from Aquifex aeolicus
著者: Yeh, A.P. / Chatelet, C. / Soltis, S.M. / Kuhn, P. / Meyer, J. / Rees, D.C.
履歴
登録2002年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [2Fe-2S] ferredoxin
B: [2Fe-2S] ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7324
ポリマ－24,3802
非ポリマー3522
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.300, 59.800, 46.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

HOH

21A-221-

HOH

31B-202-

HOH

41B-231-

HOH

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要素

#1: タンパク質 [2Fe-2S] ferredoxin


分子量: 12190.091 Da / 分子数: 2 / 変異: C59S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: Fdx4 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K38 / 参照: UniProt: O66511
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1,6 hexanediol, cobalt chloride, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
167 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH8.0
30.2 M1dropNaCl
41.0 M1,6-hexanediol1reservoir
50.01 M1reservoirCoCl2
60.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.958 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月18日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→31.2 Å / Num. all: 77950 / Num. obs: 77950 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 38.2
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 3725 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 92
反射
*PLUS
Num. measured all: 358550 / Rmerge(I) obs: 0.035
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.216

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1M2B, Cys55Ser Aquifex aeolicus [2Fe-2S] ferredoxin structure

1m2b


解像度: 1.05→31.2 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 2336 3 %random
Rwork0.137 ---
obs0.138 77914 95.6 %-
all-77914 --
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→31.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1574 0 8 198 1780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.666
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.138 / Rfactor Rfree: 0.162 / Rfactor Rwork: 0.138
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg26.38
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_deg1.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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