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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m20 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of F35Y Mutant of Trypsin-solubilized Fragment of Cytochrome b5 | ||||||
要素 | Cytochrome b5 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / cytochrome b5 / trypsin-cleaved fragment / mutant F35Y | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Vitamin C (ascorbate) metabolism / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yao, P. / Wu, J. / Wang, Y.-H. / Sun, B.-Y. / Xia, Z.-X. / Huang, Z.-X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002 タイトル: X-ray crystallography, CD and kinetic studies revealed the essence of the abnormal behaviors of the cytochrome b5 Phe35-->Tyr mutant. 著者: Yao, P. / Wu, J. / Wang, Y.H. / Sun, B.Y. / Xia, Z.X. / Huang, Z.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m20.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m20.ent.gz | 21.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1m20_validation.pdf.gz | 779.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1m20_full_validation.pdf.gz | 779.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1m20_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1m20_validation.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/1m20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/1m20 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1es1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9491.380 Da / 分子数: 1 / 断片: trypsin-solubilized fragment / 変異: F35Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00171 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: phosphate buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→19.91 Å / Num. all: 9129 / Num. obs: 8384 / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rsym value: 0.061 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique all: 511 / Rsym value: 0.315 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 9129 / % possible obs: 94.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.7 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB Entry 1ES1 解像度: 1.8→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 589664.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.0714 Å2 / ksol: 0.351386 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.193 / Rfactor Rfree: 0.238 / Rfactor Rwork: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.302 / Rfactor Rwork: 0.306 |