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- PDB-1m1f: Kid toxin protein from E.coli plasmid R1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m1f
タイトルKid toxin protein from E.coli plasmid R1
要素Kid toxin protein
キーワードTOXIN / Toxin-Antitoxin / Plasmid Maintenance / Post segregational killing / DNA replication / Mutational Analysis / CcdB
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Endoribonuclease PemK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hargreaves, D. / Santos-Sierra, S. / Giraldo, R. / Sabariegos-Jareno, R. / de la Cueva-Mendez, G. / Boelens, R. / Diaz-Orejas, R. / Rafferty, J.B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structural and Functional Analysis of the Kid toxin protein from E.coli plasmid R1
著者: Hargreaves, D. / Santos-Sierra, S. / Giraldo, R. / Sabariegos-Jareno, R. / de la Cueva-Mendez, G. / Boelens, R. / Diaz-Orejas, R. / Rafferty, J.B.
履歴
登録2002年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999Sequence: The database reference sequence for PemK protein (SwissProt accession number P13976) is ...Sequence: The database reference sequence for PemK protein (SwissProt accession number P13976) is the closest match to Kid toxin protein. Their sequences are identical, however PemK has a long leader sequence not present in Kid toxin protein.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kid toxin protein
B: Kid toxin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8863
ポリマ－23,7922
非ポリマー951
水7,800433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.264, 45.457, 65.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kid toxin protein


分子量: 11895.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: R1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13976
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.09 %
結晶化温度: 290 K / pH: 5.8
詳細: potassium phosphate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 5.80
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Hargreaves, D., (2002) Acta Crystallogr., D58, 355. / pH: 5.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.4-1.5 M1reservoirNaCl
2100 mMpotassium phosphate1droppH5.8
32-2.5 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97965, 0.97979, 0.96863
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月25日
放射モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: 3 WAVELENGTH MA / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979651
20.979791
30.968631
反射解像度: 1.4→25 Å / Num. obs: 43111 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.39→1.43 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.09 / % possible all: 87.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.25 Å / 最低解像度: 12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC5精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→12 Å / SU B: 2.069 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18187 2195 5.1 %random
Rwork0.16013 ---
obs0.16126 40455 79.83 %-
原子変位パラメータBiso mean: 9.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å2-0.09 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1571 0 5 454 2030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.022
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.3361.97
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0040.02
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.2020.3
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0040.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0710.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd4.2763
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd18.43615
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.3080.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1110.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.7931.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.3412
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.8053
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.7574.5
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 46
Rwork0.212 792
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.25 Å / 最低解像度: 12 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.182 / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.022
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0040.02
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0040.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0710.2
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.793
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.25 Å / 最低解像度: 1.28 Å / Rfactor Rfree: 0.31 / Rfactor Rwork: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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