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- PDB-1lxm: Crystal Structure of Streptococcus agalactiae Hyaluronate Lyase C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lxm
タイトルCrystal Structure of Streptococcus agalactiae Hyaluronate Lyase Complexed with Hexasaccharide Unit of Hyaluronan
要素HYALURONATE Lyase
キーワードLYASE / Streptococcus agalactiae / Protein-carbohydrate complex / hyaluronan
機能・相同性
機能・相同性情報


hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
E set domains; domain 4 / Hyaluronate lyase, beta-sheet domain superfamily / : / Hyaluronate lyase, N-terminal beta-sheet domain / : / BppA domain 1 / Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal ...E set domains; domain 4 / Hyaluronate lyase, beta-sheet domain superfamily / : / Hyaluronate lyase, N-terminal beta-sheet domain / : / BppA domain 1 / Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mello, L.V. / de Groot, B.L. / Li, S. / Jedrzejas, M.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and flexibility of Streptococcus agalactiae hyaluronate lyase complex with its substrate. Insights into the mechanism of processive degradation of hyaluronan.
著者: Mello, L.V. / De Groot, B.L. / Li, S. / Jedrzejas, M.J.
履歴
登録2002年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYALURONATE Lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6662
ポリマ－92,5101
非ポリマー1,1561
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.108, 155.043, 238.136
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1054-

HOH

21A-1156-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HYALURONATE Lyase / Hyaluronidase / HYase


分子量: 92510.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: hyl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: q53591, UniProt: Q53591*PLUS, hyaluronate lyase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1155.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122A-1b_1-5]/1-2-1-2-1-2/a3-b1_b4-c1_c3-d1_d4-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GalpA]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 5500 MME, KSCN, CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 8
詳細: Jedrzejas, M.J., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 460.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMcacodylate1reservoirpH6.0
230 mMKSCN1reservoir
319 %PEG5000 MME1reservoir
410 mg/mlprotein1drop
510 mMHEPES1drop
62 mMEDTA1droppH8.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器
タイプID検出器日付
OXFORD1CCD2000年12月21日
PHILLIPS2CCD2001年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.11
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 45372 / Num. obs: 45372 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.144
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rsym value: 0.921 / % possible all: 71.4
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 233927 / Rmerge(I) obs: 0.144
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.4 % / Rmerge(I) obs: 0.921

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
HKL-2000データ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f1s

1f1s


解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.271 1111 2.5 %
Rwork0.218 --
all0.218 45244 -
obs0.218 45244 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6358 0 79 191 6628
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 2.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.272
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / Rfactor Rfree: 0.367 / Rfactor Rwork: 0.326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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