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- PDB-1lw1: Crystal Structure Of Mycobacterium Tuberculosis Alkylperoxidase A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lw1
タイトルCrystal Structure Of Mycobacterium Tuberculosis Alkylperoxidase Ahpd H137F mutant
要素ALKYLHYDROPEROXIDASE D
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALKYLHYDROPEROXIDASE / TUBERCULOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyl-dependent peroxiredoxin / hydroperoxide reductase activity / alkyl hydroperoxide reductase activity / Cell redox homeostasis / disulfide oxidoreductase activity / peroxiredoxin activity / cell redox homeostasis / peroxidase activity / response to oxidative stress / oxidoreductase activity ...lipoyl-dependent peroxiredoxin / hydroperoxide reductase activity / alkyl hydroperoxide reductase activity / Cell redox homeostasis / disulfide oxidoreductase activity / peroxiredoxin activity / cell redox homeostasis / peroxidase activity / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkylhydroperoxidase AhpD / Alkylhydroperoxidase AhpD core / AhpD-like / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase AhpD / Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nunn, C.M. / Djordjevic, S. / Ortiz de Montellano, P.R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Mechanism of Mycobacterium tuberculosis Alkylhydroperoxidase AhpD as Defined by Mutagenesis, Crystallography, and Kinetics
著者: Koshkin, A. / Nunn, C.M. / Djordjevic, S. / Ortiz de Montellano, P.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallography & NMR System: A New Software Suite for Macromolecular Structure Determination
著者: Brunger, A.T. / Adams, P.D. / Clore, G.M. / Delano, W.L. / Gros, P. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Jiang, J.-S. / Kuszewski, J. / Nilges, M. / Pannu, N.S. / Read, R.J. / Rice, L.M. / Simonson, T. / Warren, G.L.
履歴
登録2002年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
B: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
C: ALKYLHYDROPEROXIDASE D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4323
ポリマ－56,4323
非ポリマー00
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
2
A: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
B: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
C: ALKYLHYDROPEROXIDASE D

A: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
B: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
C: ALKYLHYDROPEROXIDASE D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8636
ポリマ－112,8636
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area20580 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area34510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.603, 62.184, 89.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-262-

HOH

21B-275-

HOH

31C-272-

HOH

詳細Chains A, B and C form a protein trimer

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要素

#1: タンパク質 ALKYLHYDROPEROXIDASE D / AhpD protein


分子量: 18810.547 Da / 分子数: 3 / 変異: h137f / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / プラスミド: pACAhpD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A5N4, UniProt: P9WQB5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100MM SODIUM CITRATE BUFFER, PH 5.6, CONTAINING 200MM AMMONIUM ACETATE AND 26% PEG 4000. MIXED IN EQUAL VOLUME WITH AHPD (4.5 MG/ML) IN 25MM MOPS BUFFER, PH 7.2, CONTAINING 50MM KCL, 10% ...詳細: 100MM SODIUM CITRATE BUFFER, PH 5.6, CONTAINING 200MM AMMONIUM ACETATE AND 26% PEG 4000. MIXED IN EQUAL VOLUME WITH AHPD (4.5 MG/ML) IN 25MM MOPS BUFFER, PH 7.2, CONTAINING 50MM KCL, 10% GLYCEROL, 0.1MM EDTA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14.5 mg/mlprotein1drop
225 mMMOPS1droppH7.2
350 mM1dropKCl
410 %glycerol1drop
50.1 mMEDTA1drop
65.0 mMdithiothreitol1drop
7100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6
8200 mMammonium acetate1reservoir
926 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 18648 / Num. obs: 18396 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.42 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.188
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / % possible all: 70.3
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 396017
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GU9

1gu9


解像度: 2.3→50 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1816 -random
Rwork0.1845 ---
all0.196 18396 --
obs0.19 16580 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 75.3875 Å2 / ksol: 0.352637 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.05 Å20 Å21.52 Å2
2--18.6 Å20 Å2
3----1.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3887 0 0 364 4251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.9711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.5882
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.4892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.5392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3572 142 9 %
Rwork0.2747 --
obs-1411 70.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor Rwork: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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