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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lvs | ||||||||||||||||||
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タイトル | THE SOLUTION STRUCTURE OF D(G4T4G3)2 | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / G-quartet / cation coordination / telomeric repeat | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | データ登録者 | Crnugelj, M. / Hud, N.V. / Plavec, J. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 | タイトル: The solution structure of d(G(4)T(4)G(3))(2): a bimolecular G-quadruplex with a novel fold. 著者: Crnugelj, M. / Hud, N.V. / Plavec, J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lvs.cif.gz | 141.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lvs.ent.gz | 116.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lvs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lvs_validation.pdf.gz | 311.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lvs_full_validation.pdf.gz | 409.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lvs_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lvs_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/1lvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/1lvs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3476.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Oligomer has been prepared on solid state support using phosphoramidite chemistry. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 5 mM dG4T4G3 per strand; 90%H2O, 10% D2O; 50 mM NaCl; pH 7.2 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||||||||
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: 517 NOE-derived distance restraints associated with the nonexchangeable and exchangeable protons; 24 hydrogen-bond restraints; 95 torsion angle restraints for sugar moieties. Thirty 250 ps ...詳細: 517 NOE-derived distance restraints associated with the nonexchangeable and exchangeable protons; 24 hydrogen-bond restraints; 95 torsion angle restraints for sugar moieties. Thirty 250 ps simulated annealing calculations at 800 K were initially performed. Further refinement via solvated MD simulations (750ps, TIP3P water, particle mesh Ewald method) followed by energy minimization. | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations, lowest energy | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |