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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lva | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a C-terminal fragment of Moorella thermoacetica elongation factor SelB | ||||||
![]() | Selenocysteine-specific elongation factor | ||||||
![]() | TRANSLATION / winged-helix | ||||||
機能・相同性 | ![]() selenocysteine incorporation / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Selmer, M. / Su, X.-D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of an mRNA-binding fragment of Moorella thermoacetica elongation factor SelB. 著者: Selmer, M. / Su, X.D. #1: ![]() タイトル: Preparation of a crystallizable mRNA-binding fragment of Moorella thermoacetica elongation factor SelB 著者: Selmer, M. / Wilting, R. / Holmlund, D. / Su, X.-D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29737.555 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal fragment / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SelB(amino acids 370-634) / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 8000, MES-Tris, yttrium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 298 K / pH: 8.6 詳細: Selmer, M., (2002) Acta Crystallogr., Sect.D, 58, 1871. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月21日 | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.12→20 Å / Num. all: 15941 / Num. obs: 15941 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 28.2 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1546 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 99.9 | |||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 138893 / Rmerge(I) obs: 0.068 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.373 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→19.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.12→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 19.2 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.215 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.247 |