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万見
- PDB-1lv9: CXCR3 Binding Chemokine IP-10/CXCL10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lv9
タイトルCXCR3 Binding Chemokine IP-10/CXCL10
要素Small inducible cytokine B10
キーワードCYTOKINE / chemokine
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T cell chemotaxis / CXCR3 chemokine receptor binding / negative regulation of myoblast fusion / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / regulation of endothelial tube morphogenesis / cellular response to interleukin-17 / CXCR chemokine receptor binding / response to auditory stimulus / negative regulation of myoblast differentiation / chemokine-mediated signaling pathway ...regulation of T cell chemotaxis / CXCR3 chemokine receptor binding / negative regulation of myoblast fusion / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / regulation of endothelial tube morphogenesis / cellular response to interleukin-17 / CXCR chemokine receptor binding / response to auditory stimulus / negative regulation of myoblast differentiation / chemokine-mediated signaling pathway / T cell chemotaxis / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine activity / response to vitamin D / Chemokine receptors bind chemokines / blood circulation / endothelial cell activation / muscle organ development / chemoattractant activity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of T cell migration / neutrophil chemotaxis / antiviral innate immune response / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / response to gamma radiation / cellular response to virus / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemotaxis / cell-cell signaling / heparin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / regulation of apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C motif chemokine 10
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Booth, V. / Keizer, D.W. / Kamphuis, M.B. / Clark-Lewis, I. / Sykes, B.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The CXCR3 binding chemokine IP-10/CXCL10: structure and receptor interactions.
著者: Booth, V. / Keizer, D.W. / Kamphuis, M.B. / Clark-Lewis, I. / Sykes, B.D.
履歴
登録2002年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small inducible cytokine B10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6511
ポリマ－8,6511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Small inducible cytokine B10 / CXCL10 / Interferon-gamma induced protein / Gamma-IP10 / IP-10


分子量: 8651.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of the protein is naturally found in Homo sapiens. It was synthesized by stepwise solid phase methods using t-butoxycarbonyl protection chemistry.
参照: UniProt: P02778
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
131DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 2 mM NMeLeu 27 IP-10 (no isotope labelling), 1 mM sodium azide, 1 mM DSS, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio et al解析
NMRView4.1.2Johnsonデータ解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
ARIA1999Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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