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万見
- PDB-1lv5: Crystal Structure of the Closed Conformation of Bacillus DNA Poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lv5
タイトルCrystal Structure of the Closed Conformation of Bacillus DNA Polymerase I Fragment Bound to DNA and dCTP
要素
  • 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*A)-3'
  • DNA POLYMERASE I
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA POLYMERASE I / DNA REPLICATION / KLENOW FRAGMENT / PROTEIN-DNA-DNTP COMPLEX / CLOSED CONFORMATION / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 ...DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Johnson, S.J. / Taylor, J.S. / Beese, L.S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Processive DNA synthesis observed in a polymerase crystal suggests a mechanism for the prevention of frameshift mutations
著者: Johnson, S.J. / Taylor, J.S. / Beese, L.S.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Visualizing DNA Replication in a Catalytically Active Bacillus DNA Polymerase Crystal
著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Braman, J.C. / Beese, L.S.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of a Thermostable Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment at 2.1 A Resolution
著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Hansen, C.J. / Basehore, S.L. / Hogrefe, H.H. / Braman, J.C. / Beese, L.S.
履歴
登録2002年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*A)-3'
D: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3'
E: 5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*A)-3'
F: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3'
A: DNA POLYMERASE I
B: DNA POLYMERASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,22013
ポリマ－146,9596
非ポリマー1,2617
水3,351186
1
C: 5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*A)-3'
D: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3'
A: DNA POLYMERASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1227
ポリマ－73,4803
非ポリマー6424
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*A)-3'
F: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3'
B: DNA POLYMERASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0986
ポリマ－73,4803
非ポリマー6183
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.681, 91.681, 190.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*A)-3'


分子量: 3094.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PRIMER STRAND
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3'


分子量: 4256.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template Strand

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA POLYMERASE I


分子量: 66128.836 Da / 分子数: 2
Fragment: BACILLUS FRAGMENT (ANALOGOUS TO THE E. COLI KLENOW FRAGMENT)
Mutation: D329A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
解説: THIS PROTEIN WAS ISOLATED FROM AN AS YET UNNAMED NOVEL STRAIN OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (SEE REF 2).
プラスミド: pET-30A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P52026, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 5種, 193分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: AMMONIUM SULFATE, MAGNESIUM SULFATE, MPD, MES, MANGANESE SULFATE, pH 5.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1AMMONIUM SULFATE11
2MgSO411
3MPD11
4MES11
5MnSo411
結晶化
*PLUS
pH: 5.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
249 %satammonium sulfate1reservoir
32.5 %(v/v)1reservoir
4100 mM1reservoirpH5.8
510 mM1reservoirMgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月29日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: Si Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→39.7 Å / Num. all: 129531 / Num. obs: 129531 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 12800 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 74.1 % / Num. measured all: 633019
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 39.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BDP

2bdp


解像度: 1.95→39.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The crystal was twinned, with a partial twinning fraction of 0.485. Detwinning of the data was performed by treating the data as perfectly twinned, using the detwin_perfect.inp routine in CNS. ...詳細: The crystal was twinned, with a partial twinning fraction of 0.485. Detwinning of the data was performed by treating the data as perfectly twinned, using the detwin_perfect.inp routine in CNS. The Bacillus polymerase was co-crystallized with ddATP, dCTP, and a DNA containing a 9 base pair duplex, a 4 base 5' template overhang, and a single base 3' template overhang. The 3' overhang on the template strand assured that the DNA duplex was not bound backwards by the polymerase during crystallization. ddATP was incorporated onto the 3' terminus of the primer strand. dCTP was not incorporated onto the primer strand, but was paired opposite the next template base. Thus, the resulting structure contained a 10 base pair DNA duplex with a 3' primer terminus and a 3 base 5' template overhang. Electron density was observed for all protein side chains except Lysine 298, which was modelled to the beta carbon. The manganese and magnesium atoms were assigned on the basis of low B-factor, proximity to coordinating residues, and by comparison to a related Klentaq polymerase structure (3KTQ). The data prevent a definitive assignment between MG 205 and water.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 4574 4.7 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.264 98839 --
obs0.218 96536 74.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.4519 Å2 / ksol: 0.364792 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20.74 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.32 Å / Luzzati sigma a free: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9294 974 69 186 10523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.262.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 259 5 %
Rwork0.307 4895 -
obs--39.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5DCTP.PARAMDCTP.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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