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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lux | ||||||||||||||||||
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タイトル | NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE ANTICODON OF YEAST TRNA-PHE WITH 3 MODIFICATIONS (OMC32 OMG34 M5C40) | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / TRNA / ANTICODON STEM LOOP / TRNA DOMAIN / RNA HAIRPIN / 2'-O-METHYL / M5C | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / global fold by distance geometry. refinement by simulated annealing using the amber forcefield | ![]() Stuart, J.W. / Koshlap, K.M. / Guenther, R.H. / Agris, P.F. | ![]() ![]() タイトル: Naturally-occurring Modification Restricts the Anticodon Domain Conformational Space of tRNA(Phe). 著者: Stuart, J.W. / Koshlap, K.M. / Guenther, R. / Agris, P.F. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 338.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 399.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5508.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: SEQUENCE WITH NATURALLY OCCURRING MODIFICATIONS SYNTHESIZED USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
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試料調製
詳細 | 内容: 1.6 mM RNA, 10 mM cacodylate buffer, pH 5.6, 0.1 mM EDTA |
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試料状態 | pH: 5.6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: global fold by distance geometry. refinement by simulated annealing using the amber forcefield ソフトェア番号: 1 詳細: 271 restraints (258 NOE-Derived, 13 h-bond), 95 dihedral angle | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |