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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1luu | ||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE ANTICODON OF YEAST TRNA-PHE WITH 4 MODIFICATIONS (OMC32 OMG34 1MG37 5MC40) | ||||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA / TRNA / ANTICODON STEM LOOP / TRNA DOMAIN / RNA HAIRPIN / 1MG / 2'-O-METHYL / 5MC | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / GLOBAL FOLD BY DISTANCE GEOMETRY. REFINEMENT BY SIMULATED ANNEALING USING THE AMBER FORCEFIELD | Model type details | minimized average | データ登録者 | Stuart, J.W. / Koshlap, K.M. / Guenther, R.H. / Agris, P.F. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 | タイトル: Naturally-occurring Modification Restricts the Anticodon Domain Conformational Space of tRNA(Phe). 著者: Stuart, J.W. / Koshlap, K.M. / Guenther, R. / Agris, P.F. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1luu.cif.gz | 139.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1luu.ent.gz | 114.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1luu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1luu_validation.pdf.gz | 337.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1luu_full_validation.pdf.gz | 401 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1luu_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1luu_validation.cif.gz | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/1luu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/1luu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5522.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: SEQUENCE WITH NATURALLY OCCURRING MODIFICATIONS SYNTHESIZED USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES |
-試料調製
詳細 | 内容: 1.2 MM RNA, 10 MM CACODYLATE BUFFER, PH 5.6, 0.1 MM EDTA |
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試料状態 | pH: 5.6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: GLOBAL FOLD BY DISTANCE GEOMETRY. REFINEMENT BY SIMULATED ANNEALING USING THE AMBER FORCEFIELD ソフトェア番号: 1 詳細: 269 RESTRAINTS (256 NOE-DERIVED, 13 H-BOND) 96 DIHEDRAL ANGLE. | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 11 |