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- PDB-1lul: DB58, A LEGUME LECTIN FROM DOLICHOS BIFLORUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lul
タイトルDB58, A LEGUME LECTIN FROM DOLICHOS BIFLORUS
要素LECTIN DB58
キーワードLECTIN / LEGUME LECTIN / QUATERNARY STRUCTURE / PLANT HORMONE BINDING / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / : / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / : / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vigna unguiculata subsp. cylindrica (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hamelryck, T.W. / Bouckaert, J. / Dao-Thi, M.H. / Wyns, L. / Etzler, M. / Loris, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Carbohydrate binding, quaternary structure and a novel hydrophobic binding site in two legume lectin oligomers from Dolichos biflorus.
著者: Hamelryck, T.W. / Loris, R. / Bouckaert, J. / Dao-Thi, M.H. / Strecker, G. / Imberty, A. / Fernandez, E. / Wyns, L. / Etzler, M.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization of Two Related Lectins from the Legume Plant Dolichos Biflorus
著者: Dao-Thi, M.-H. / Hamelryck, T.W. / Bouckaert, J. / Korber, F. / Burkow, V. / Poortmans, F. / Etzler, M. / Strecker, G. / Wyns, L. / Loris, R.
履歴
登録1998年6月30日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LECTIN DB58
B: LECTIN DB58
C: LECTIN DB58
D: LECTIN DB58
E: LECTIN DB58
F: LECTIN DB58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,45118
ポリマ－162,8816
非ポリマー57012
水00
1
A: LECTIN DB58
B: LECTIN DB58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4846
ポリマ－54,2942
非ポリマー1904
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
2
C: LECTIN DB58
D: LECTIN DB58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4846
ポリマ－54,2942
非ポリマー1904
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
3
E: LECTIN DB58
F: LECTIN DB58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4846
ポリマ－54,2942
非ポリマー1904
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.390, 130.950, 138.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.30171, -0.2383, 0.92314), (-0.21002, -0.96109, -0.17945), (0.92998, -0.13973, -0.34002)-20.32472, 88.77946, 49.8629
2given(-0.31453, 0.00959, -0.9492), (-0.03114, -0.99951, 0.00022), (-0.94874, 0.02963, 0.31467)52.47976, 80.91944, 37.38261
3given(-0.96648, 0.25668, -0.0051), (0.25036, 0.94672, 0.20258), (0.05683, 0.19451, -0.97925)11.55428, -8.09203, 72.00403
4given(0.89644, 0.19763, 0.39665), (-0.36673, -0.17168, 0.91435), (0.2488, -0.96513, -0.08142)-40.02653, 44.23906, 60.38723
5given(0.57168, -0.79562, -0.20044), (0.07409, 0.29336, -0.95313), (0.81712, 0.53003, 0.22665)14.56052, 46.93898, -14.28682
詳細DB58 IS A LEGUME LECTIN FROM THE STEMS AND THE LEAVES OF THE TROPICAL LEGUME PLANT DOLICHOS BIFLORUS. IT IS A HETERODIMER THAT CONSISTS OF A TRUNCATED (241 AA) AND AN INTACT SUBUNIT (253 AA). THIS A LOW RESOLUTION STRUCTURE (3.3 ANGSTROM) AND SHOULD BE VIEWED WITH CAUTION. HOWEVER, THE STRUCTURE SHOWS CLEARLY THAT DB58 REPRESENTS THE FOURTH KNOWN LEGUME LECTIN DIMER TYPE, RELATED TO THE PHA-L TYPE TETRAMER. LAST SIX RESIDUES ARE NOT VISIBLE IN THE DENSITY.

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要素

#1: タンパク質
LECTIN DB58 / DOLICHOS BIFLORUS STEM AND LEAF LECTIN


分子量: 27146.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vigna unguiculata subsp. cylindrica (マメ科)
器官: STEM AND LEAF / 生物種: Vigna unguiculata / 株: subsp. cylindrica / 参照: UniProt: P19588
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 100 MM NA-CITRATE PH 5.6 10 % (W/V) PEG 6000 0.3 M NACL
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-7 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium citrate1reservoir
312 %(w/v)PEG60001reservoir
40.2-0.4 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: A/A
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 22745 / % possible obs: 80.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.07 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 68
反射
*PLUS
Num. measured all: 47794
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 3.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BJQ

1bjq


解像度: 3.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: CONSTR / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1797 7.9 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 22744 80.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10563 0 12 0 10575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it5.90.3
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it9.190.3
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it7.360.8
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it11.650.8
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 153 8.2 %
Rwork0.304 1715 -
obs--68 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.75
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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