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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lul | ||||||
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タイトル | DB58, A LEGUME LECTIN FROM DOLICHOS BIFLORUS | ||||||
![]() | LECTIN DB58 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hamelryck, T.W. / Bouckaert, J. / Dao-Thi, M.H. / Wyns, L. / Etzler, M. / Loris, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Carbohydrate binding, quaternary structure and a novel hydrophobic binding site in two legume lectin oligomers from Dolichos biflorus. 著者: Hamelryck, T.W. / Loris, R. / Bouckaert, J. / Dao-Thi, M.H. / Strecker, G. / Imberty, A. / Fernandez, E. / Wyns, L. / Etzler, M.E. #1: ![]() タイトル: Crystallization of Two Related Lectins from the Legume Plant Dolichos Biflorus 著者: Dao-Thi, M.-H. / Hamelryck, T.W. / Bouckaert, J. / Korber, F. / Burkow, V. / Poortmans, F. / Etzler, M. / Strecker, G. / Wyns, L. / Loris, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 268.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 216.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | DB58 IS A LEGUME LECTIN FROM THE STEMS AND THE LEAVES OF THE TROPICAL LEGUME PLANT DOLICHOS BIFLORUS. IT IS A HETERODIMER THAT CONSISTS OF A TRUNCATED (241 AA) AND AN INTACT SUBUNIT (253 AA). THIS A LOW RESOLUTION STRUCTURE (3.3 ANGSTROM) AND SHOULD BE VIEWED WITH CAUTION. HOWEVER, THE STRUCTURE SHOWS CLEARLY THAT DB58 REPRESENTS THE FOURTH KNOWN LEGUME LECTIN DIMER TYPE, RELATED TO THE PHA-L TYPE TETRAMER. LAST SIX RESIDUES ARE NOT VISIBLE IN THE DENSITY. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27146.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 器官: STEM AND LEAF / 生物種: Vigna unguiculata / 株: subsp. cylindrica / 参照: UniProt: P19588 #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 5.6 詳細: 100 MM NA-CITRATE PH 5.6 10 % (W/V) PEG 6000 0.3 M NACL | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: A/A |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 22745 / % possible obs: 80.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.07 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 68 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 47794 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 3.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1BJQ 解像度: 3.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: CONSTR / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 53.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.304 |