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万見
- PDB-1lua: Structure of methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lua
タイトルStructure of methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase from Methylobacterium extorquens AM1 complexed with NADP
要素Methylene Tetrahydromethanopterin Dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha/beta twisted open sheet structure
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / formaldehyde catabolic process / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal domain / Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal / Methylene tetrahydromethanopterin dehydrogenase, NADP-binding domain / Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal domain superfamily / Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Bifunctional protein MdtA
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacterium extorquens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ermler, U. / Hagemeier, C.H. / Roth, A. / Demmer, U. / Grabarse, W. / Warkentin, E. / Vorholt, J.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure of methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase from methylobacterium extorquens AM1.
著者: Ermler, U. / Hagemeier, C.H. / Roth, A. / Demmer, U. / Grabarse, W. / Warkentin, E. / Vorholt, J.A.
#1: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1998
タイトル: The NADP-Dependent Methylene Tetrahydromethanopterin Dehydrogenase in Methylobacterium extorquens AM1
著者: Vorholt, J.A. / Chistoserdova, L. / Lidstrom, M.E. / Thauer, R.K.
履歴
登録2002年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylene Tetrahydromethanopterin Dehydrogenase
B: Methylene Tetrahydromethanopterin Dehydrogenase
C: Methylene Tetrahydromethanopterin Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1526
ポリマ－88,9223
非ポリマー2,2303
水12,827712
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area32860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.9, 79.86, 154.29
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Methylene Tetrahydromethanopterin Dehydrogenase / Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase


分子量: 29640.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (バクテリア)
株: AM1 / 遺伝子: mtdA / プラスミド: pET 17b CH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS
参照: UniProt: P55818, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
2100 mMHEPES1droppH7.5
317 %PEG80001reservoir
450 mMMES1reservoirpH6.5
55 mMNADP+1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 82475 / Num. obs: 82475 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 9753 / % possible all: 97.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Methylene Tetrahydromethanopterin Dehydrogenase

解像度: 1.9→29.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 931083.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 3446 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.185 68017 --
obs0.185 68017 91.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.4155 Å2 / ksol: 0.324197 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å20 Å2
2---2.36 Å20 Å2
3---1.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6252 0 144 712 7108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 462 4.6 %
Rwork0.213 9487 -
obs-9482 81.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NAP_F42.PARAMNAP_F42.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MTDAP21_CIS.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAM
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.91
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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