[日本語] English
万見
- PDB-1lu8: Solution structure of GsMTx-4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lu8
タイトルSolution structure of GsMTx-4
要素venom toxin peptide MTx4
キーワードTOXIN / Triple stranded antiparellel beta-sheet / inhibitory cystine knot
機能・相同性
機能・相同性情報


ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / lipid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin
類似検索 - ドメイン・相同性
: / M-theraphotoxin-Gr1a
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Jung, H.J. / Lee, C.W. / Earm, Y.E. / Kim, J.I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of GsMTx-4, a peptide blocker of cation-selective stretch-activated channels
著者: Jung, H.J. / Lee, C.W. / Earm, Y.E. / Kim, J.I.
履歴
登録2002年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: venom toxin peptide MTx4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1081
ポリマ－4,1081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100The submitted confomer models are those with the lowest energy, the least restraint violations
代表モデルモデル #3closest to the average

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド venom toxin peptide MTx4 / GsMTx-4


分子量: 4107.934 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-34 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was synthesized chemically. / 参照: GenBank: 32309340, UniProt: Q7YT39*PLUS
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
131PE-COSY
NMR実験の詳細Text: Additional comments about the NMR refinement can be placed here, e.g.The structures are based on a total of 630 restraints, 591 are NOE-derived distance constraints, 27 dihedral angle ...Text: Additional comments about the NMR refinement can be placed here, e.g.The structures are based on a total of 630 restraints, 591 are NOE-derived distance constraints, 27 dihedral angle restraints, 12 distance restraints from hydrogen bonds, and 9 distance restraints from disulfide bonds. This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細内容: 10mM GsMTx-4 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 288 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DMXBrukerDMX5002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851A. T. Brunger構造決定
X-PLOR3.851精密化
XwinNMR3Brukercollection
XwinNMR3Bruker解析
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted confomer models are those with the lowest energy, the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る