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万見
- PDB-1lu5: 2.4 Angstrom Crystal Structure of the Asymmetric Platinum Complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lu5
タイトル2.4 Angstrom Crystal Structure of the Asymmetric Platinum Complex {Pt(ammine)(cyclohexylamine)}2+ Bound to a Dodecamer DNA Duplex
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA / platinum-DNA complex
機能・相同性CIS-(AMMINE)(CYCLOHEXYLAMINE)PLATINUM(II) COMPLEX / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Silverman, A.P. / Bu, W. / Cohen, S.M. / Lippard, S.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: 2.4-A Crystal Structure of the Asymmetric Platinum Complex {Pt(ammine)(cyclohexylamine)}2+ Bound to a Dodecamer DNA Duplex
著者: Silverman, A.P. / Bu, W. / Cohen, S.M. / Lippard, S.J.
履歴
登録2002年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月8日Group: Derived calculations
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2766
ポリマ－14,6544
非ポリマー6232
水84747
1
A: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6383
ポリマ－7,3272
非ポリマー3111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6383
ポリマ－7,3272
非ポリマー3111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.644, 35.638, 46.556
Angle α, β, γ (deg.)79.53, 83.02, 81.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'


分子量: 3565.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'


分子量: 3761.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-LPT / CIS-(AMMINE)(CYCLOHEXYLAMINE)PLATINUM(II) COMPLEX


分子量: 311.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16N2Pt
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: spermine, sodium cacodylate, magnesium acetate, PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1spermine11
2sodium cacodylate11
3magnesium acetate11
4PEG 400011
結晶化
*PLUS
温度: 4. ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.2 mMprotein1drop
250 mM1reservoirpH6.5
312 mMspermine1reservoir
4120 mM1reservoirMg(OAc)2
515 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 7337 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.251 / Rsym value: 0.277 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 42245 / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.3 % / Rmerge(I) obs: 0.277

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1AIO

1aio


解像度: 2.4→50 Å / Num. parameters: 4163 / Num. restraintsaints: 4897 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 2
反射数%反射Selection details
all6604 --
Rfree-10 %random
obs-96.3 %-
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1037
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 972 18 47 1037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0003
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.075
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 5267 / Num. reflection Rfree: 565 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.234 / Rfactor Rfree: 0.2495 / Rfactor Rwork: 0.2008
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.0003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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