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- PDB-1ltu: CRYSTAL STRUCTURE OF CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM, APO (NO IRON BOUN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ltu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM, APO (NO IRON BOUND) STRUCTURE
要素PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / PHENYLALANINE HYDROXYLASE APO-STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine 4-monooxygenase / phenylalanine 4-monooxygenase activity / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine-4-hydroxylase, monomeric form / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase ...Phenylalanine-4-hydroxylase, monomeric form / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenylalanine-4-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Erlandsen, H. / Kim, J.Y. / Patch, M.G. / Han, A. / Volner, A. / Abu-Omar, M.M. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structural comparison of bacterial and human iron-dependent phenylalanine hydroxylases: similar fold, different stability and reaction rates.
著者: Erlandsen, H. / Kim, J.Y. / Patch, M.G. / Han, A. / Volner, A. / Abu-Omar, M.M. / Stevens, R.C.
履歴
登録2002年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6281
ポリマ－33,6281
非ポリマー00
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.684, 68.011, 90.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE / PAH / Phe-4-monooxygenase / Phenylalaninase


分子量: 33627.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P30967, phenylalanine 4-monooxygenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, NaCl, HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11.65-1.90 Mammonium sulfate1reservoir
240-100 mM1reservoirNaCl
320 mMHEPES1reservoirpH7.5
420 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.919866,0.91961,0.942813
20.785
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monomchromatorMADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9198661
20.919611
30.9428131
40.7851
反射解像度: 1.74→18.5 Å / Num. all: 30448 / Num. obs: 30448 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.74→1.76 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1490 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.73 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 5-6 / Num. measured all: 124221 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.73 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5-6 / Rmerge(I) obs: 0.566

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.74→18.5 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 4709 -Random
Rwork0.197 ---
all-28930 --
obs-28930 94 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å20 Å2
2---1.63 Å20 Å2
3---2.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→18.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2274 0 0 198 2472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.46
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.73 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.46
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.73 Å / 最低解像度: 1.76 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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