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万見
- PDB-1ltk: CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLYCERATE KINASE FROM PLASMODIUM FALC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ltk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLYCERATE KINASE FROM PLASMODIUM FALCIPARUM, IN THE OPEN CONFORMATION
要素PHOSPHOGLYCERATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / PGK / PHOSPHOGLYCERATE KINASE / GLYCOLYSIS / GLYCEROL / OPEN CONFORMATION / ADP COMPLEX / SELENOMETHIONINE
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / glycolytic process / gluconeogenesis / ADP binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase, N-terminal domain / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Phosphoglycerate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chattopadhyay, D. / Pal, B. / Smith, C.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLYCERATE KINASE FROM PLASMODIUM FALCIPARUM
著者: Chattopadhyay, D. / Pal, B. / Smith, C.D.
履歴
登録2002年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOGLYCERATE KINASE
B: PHOSPHOGLYCERATE KINASE
C: PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,49010
ポリマ－141,0683
非ポリマー1,4227
水1,29772
1
A: PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5584
ポリマ－47,0231
非ポリマー5353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4663
ポリマ－47,0231
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4663
ポリマ－47,0231
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.030, 147.610, 206.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOGLYCERATE KINASE


分子量: 47022.602 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PGK / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: P27362, phosphoglycerate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, AMMONIUM SULFATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9537, 0.9792, 0.9793
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月17日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.97921
30.97931
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 34732 / Num. obs: 36637 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.208 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVEVERSION 1.18位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→19.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 5233465.22 / Data cutoff high rms absF: 5233465.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 3454 9.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.2845 34732 --
obs0.2845 34732 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.8077 Å2 / ksol: 0.327644 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.14 Å20 Å20 Å2
2--2.01 Å20 Å2
3---0.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.63 Å0.56 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.8 Å0.67 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9643 0 90 72 9805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.672.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 503 9.7 %
Rwork0.391 4689 -
obs-5192 85.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2AMP.PARAMAMP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GOL.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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