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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lt9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D | ||||||
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![]() | BLOOD CLOTTING / blood coagulation / fibrinogen / fibrinogen fragment D / recombinant fibrinogen fragment D / recombinant fibrinogen | ||||||
機能・相同性 | ![]() platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) ...platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / protein secretion / protein polymerization / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of vasoconstriction / cell adhesion molecule binding / fibrinolysis / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet aggregation / response to calcium ion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / extracellular vesicle / Platelet degranulation / cell cortex / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / blood microparticle / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / synapse / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kostelansky, M.S. / Betts, L. / Gorkun, O.V. / Lord, S.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 2.8 A Crystal Structures of Recombinant Fibrinogen Fragment D with and without Two Peptide Ligands: GHRP Binding to the "b" Site Disrupts Its Nearby Calcium-binding Site. 著者: Kostelansky, M.S. / Betts, L. / Gorkun, O.V. / Lord, S.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 266.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 218.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 505.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 552.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 7747.030 Da / 分子数: 2 / 断片: Fragment D (residues 126-191) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P02671 #2: タンパク質 | 分子量: 35940.215 Da / 分子数: 2 / 断片: Fragment D (residues 149-461) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P02675 #3: タンパク質 | 分子量: 35217.992 Da / 分子数: 2 / 断片: Fragment D (residues 96-406) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P02679 |
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-糖 , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 糖 |
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-非ポリマー , 2種, 152分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月27日 / 詳細: Osmic Confocal Blue Multilayer Optics |
放射 | モノクロメーター: Osmic Confocal Blue Multilayer Optics プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→18 Å / Num. all: 47742 / Num. obs: 47742 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 70.6 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4684 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 18 Å / Num. measured all: 217604 / Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.6846 Å2 / ksol: 0.30323 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.2 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.44 Å / Luzzati sigma a free: 0.48 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→17.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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