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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lt4 | |||||||||
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タイトル | HEAT-LABILE ENTEROTOXIN MUTANT S63K | |||||||||
![]() | (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN) x 2 | |||||||||
![]() | ENTEROTOXIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Van Den Akker, F. / Hol, W.G.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a non-toxic mutant of heat-labile enterotoxin, which is a potent mucosal adjuvant. 著者: van den Akker, F. / Pizza, M. / Rappuoli, R. / Hol, W.G. #1: ![]() タイトル: Probing the Structure-Activity Relationship of Escherichia Coli Lt-A by Site-Directed Mutagenesis 著者: Pizza, M. / Domenighini, M. / Hol, W. / Giannelli, V. / Fontana, M.R. / Giuliani, M.M. / Magagnoli, C. / Peppoloni, S. / Manetti, R. / Rappuoli, R. #2: ![]() タイトル: Refined Structure of Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin, a Close Relative of Cholera Toxin 著者: Sixma, T.K. / Kalk, K.H. / Van Zanten, B.A. / Dauter, Z. / Kingma, J. / Witholt, B. / Hol, W.G. #3: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Cholera Toxin-Related Heat-Labile Enterotoxin from E. Coli 著者: Sixma, T.K. / Pronk, S.E. / Kalk, K.H. / Wartna, E.S. / Van Zanten, B.A. / Witholt, B. / Hol, W.G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1lttS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE AB5 TOXIN HEXAMER. THE A SUBUNIT CONTAINS TWO FRAGMENTS LINKED BY A DISORDERED LOOP. THESE 2 FRAGMENTS ARE CONVENTIONALLY REFERRED TO AS A1 AND A2. FRAGMENTS A1 AND A2 ARE COVALENTLY LINKED IN THE LATENT TOXIN AND ARE PROTEOLYTICALLY CLEAVED UPON ACTIVATION. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11807.539 Da / 分子数: 5 / 断片: HOLOTOXIN / 変異: CHAIN A, S63K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LACTOSE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 28654.523 Da / 分子数: 1 / 断片: HOLOTOXIN / 変異: CHAIN A, S63K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LACTOSE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 % 解説: NO MOLECULAR REPLACEMENT SEARCH NEEDED TO BE PERFORMED BECAUSE THE SPACE GROUP AND CELL DIMENSIONS WERE IDENTICAL TO THE STARTING 1LTT STRUCTURE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 3 layer capillary method / pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 5% PEG 6000, 100 MM NACL, 1 MM EDTA, 75 MM LACTOSE, 100 MM TRIS PH 7.5 USING THE 3 LAYER CAPPILARY METHOD, 3 layer capillary method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: three-layer capillary | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→100 Å / Num. obs: 50516 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.156 / % possible all: 80 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.4 % / Rmerge(I) obs: 0.156 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS MOLECULAR REPLACEMENT 開始モデル: PDB ENTRY 1LTT 解像度: 2→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: RESIDUES A 1 - A 3, A 189 - A 195, AND A 237 - A 240 ARE OMITTED FROM THE STRUCTURE BECAUSE OF POOR ELECTRON DENSITY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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