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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lsp | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF A BULGECIN-INHIBITED G-TYPE LYSOZYME FROM THE EGG-WHITE OF THE AUSTRALIAN BLACK SWAN. A COMPARISON OF THE BINDING OF BULGECIN TO THREE MURAMIDASES | ||||||
![]() | LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidoglycan catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Karlsen, S. / Rao, Z.H. / Hough, E. / Isaacs, N.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a bulgecin-inhibited g-type lysozyme from the egg white of the Australian black swan. A comparison of the binding of bulgecin to three muramidases. 著者: Karlsen, S. / Hough, E. / Rao, Z.H. / Isaacs, N.W. #1: ![]() タイトル: The Crystal Structure of a Complex between Bulgecin, a Bacterial Metabolite, and Lysozyme from the Rainbow Trout 著者: Karlsen, S. / Hough, E. #2: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Goose-Type Lysozyme from the Egg White of the Australian Black Swan, Cygnus Atratus 著者: Isaacs, N.W. / Machin, K.J. / Masakuni, M. #3: ![]() タイトル: Structures of Bulgecins, Bacterial Metabolites with Bulge-Inducing Activity 著者: Shinagawa, S. / Kasahara, F. / Wada, Y. / Harada, S. / Asai, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 656.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 668.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20434.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-BUL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 6959 / % possible obs: 78.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 32.94 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.45→8 Å / σ(F): 3 /
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→8 Å
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拘束条件 |
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