PDB-1ls4: NMR structure of apolipophorin-III from Locusta migratoria

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ls4

タイトル

NMR structure of apolipophorin-III from Locusta migratoria

要素

Apolipophorin-III

キーワード

LIPID TRANSPORT / Helix-bundle / exchangeable apolipoprotein

機能・相同性

Apolipoprotein / lipid transport / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Apolipophorin-3b

機能・相同性情報

生物種

Locusta migratoria (トノサマバッタ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model type details

minimized average

データ登録者

Fan, D. / Wang, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: NMR solution structure and dynamics of an exchangeable apolipoprotein,locusta migratoria apolipophorin III.
著者: Fan, D. / Zheng, Y. / Yang, D. / Wang, J.

履歴

登録	2002年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ls4.cif.gz	1003.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ls4.ent.gz	839.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ls4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ls4_validation.pdf.gz	355.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ls4_full_validation.pdf.gz	673.1 KB	表示
XML形式データ	1ls4_validation.xml.gz	114.9 KB	表示
CIF形式データ	1ls4_validation.cif.gz	148.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/1ls4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/1ls4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aep 1eq1
類似構造データ	2ygv-4 4fxt-9 2ygv-1 3wwq-2 2jmr-d 4fxt-4 5n88-1 3wwq-1 3kos-d 3ltl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Apolipophorin-III

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 50	target function
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質	Apolipophorin-III / APOLP-III 分子量: 19209.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Locusta migratoria (トノサマバッタ) プラスミド: LAPOIII-PET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: P10762

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM apolipophorin-III, 15N/13C uniformly labeled, 200 mM phosphate buffer, 0.5 mM sodium Azide 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 200 mM phosphate / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
NMRPipe	2.1	F. Delaglio	解析
X-PLOR	3.851	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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