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- PDB-1lrw: Crystal structure of methanol dehydrogenase from P. denitrificans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lrw
タイトルCrystal structure of methanol dehydrogenase from P. denitrificans
要素
  • methanol dehydrogenase subunit 1
  • methanol dehydrogenase subunit 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heavy subunits: 8-fold beta-propeller superbarrel
機能・相同性
機能・相同性情報


methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family ...Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1 / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xia, Z.-X. / Dai, W.-W. / He, Y.-N. / White, S.A. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2003
タイトル: X-ray structure of methanol dehydrogenase from Paracoccus denitrificans and molecular modeling of its interactions with cytochrome c-551i
著者: Xia, Z.-X. / Dai, W.-W. / He, Y.-N. / White, S.A. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L.
履歴
登録2002年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 sequence authors state that the published sequence of ALA 444- ALA 449, ALA 451 and VAL 490 does ... sequence authors state that the published sequence of ALA 444- ALA 449, ALA 451 and VAL 490 does not match the electron density. Based on the electron density, they established the x-ray sequence Gly 444- Ser 450, Leu 452 and ALA 490 in which Gly 447 is an insertion.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: methanol dehydrogenase subunit 1
B: methanol dehydrogenase subunit 2
C: methanol dehydrogenase subunit 1
D: methanol dehydrogenase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,2958
ポリマ－152,5554
非ポリマー7414
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13450 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area42700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.340, 122.280, 107.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 methanol dehydrogenase subunit 1 / mdh large alpha subunit / medh


分子量: 66811.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: P12293, EC: 1.1.99.8
#2: タンパク質 methanol dehydrogenase subunit 2 / mdh small beta subunit / medh


分子量: 9465.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: P29898, EC: 1.1.99.8
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: seeding / pH: 8.3
詳細: PEG 3350, Tris-HCl, Li2SO4, pH 8.3, seeding, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlenzyme1drop
20.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
330 %PEG40001reservoir
40.2 M1reservoirLi2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源波長: 1.5418 Å
検出器検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.49 Å / Num. all: 52799 / Num. obs: 49524 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.49→2.68 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 7330 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 70.7
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 317794 / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.1 % / Rmerge(I) obs: 0.262

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MERLOT位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 4AAH

4aah


解像度: 2.5→19.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 53755.76 / Data cutoff high rms absF: 53755.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: non-crystallographic symmetry restraint was not applied
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 4953 10.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.179 49218 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.9669 Å2 / ksol: 0.311306 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.72 Å20 Å20 Å2
2---2.18 Å20 Å2
3----8.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10734 0 50 403 11187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.812.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 267 9.7 %
Rwork0.353 2494 -
obs--53.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PQQ.PARPQQ.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CCIS.parCCIS.top
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.Top
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.49 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.73
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.49 Å / 最低解像度: 2.68 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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