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万見
- PDB-1w6s: The high resolution structure of methanol dehydrogenase from meth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w6s
タイトルThe high resolution structure of methanol dehydrogenase from methylobacterium extorquens
要素(METHANOL DEHYDROGENASE SUBUNIT ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANISOTROPIC / ELECTRON TRANSFER / CALCIUM-BINDING / METHANOL UTILIZATION / PQQ
機能・相同性
機能・相同性情報


methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family ...Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2 / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種METHYLOBACTERIUM EXTORQUENS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Williams, P.A. / Coates, L. / Mohammed, F. / Gill, R. / Erskine, P.T. / Wood, S.P. / Anthony, C. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: The Atomic Resolution Structure of Methanol Dehydrogenase from Methylobacterium Extorquens
著者: Williams, P.A. / Coates, L. / Mohammed, F. / Gill, R. / Erskine, P.T. / Wood, S.P. / Anthony, C. / Cooper, J.B.
履歴
登録2004年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHANOL DEHYDROGENASE SUBUNIT 1
B: METHANOL DEHYDROGENASE SUBUNIT 2
C: METHANOL DEHYDROGENASE SUBUNIT 1
D: METHANOL DEHYDROGENASE SUBUNIT 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,65611
ポリマ－148,6394
非ポリマー1,0177
水25,8881437
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.900, 73.620, 88.080
Angle α, β, γ (deg.)86.09, 104.11, 109.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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METHANOL DEHYDROGENASE SUBUNIT ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 METHANOL DEHYDROGENASE SUBUNIT 1 / MDH LARGE SUBUNIT / MEDH


分子量: 65838.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) METHYLOBACTERIUM EXTORQUENS (バクテリア)
参照: UniProt: P16027, EC: 1.1.99.8
#2: タンパク質 METHANOL DEHYDROGENASE SUBUNIT 2 / MDH SMALL SUBUNIT / MEDH


分子量: 8480.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) METHYLOBACTERIUM EXTORQUENS (バクテリア)
参照: UniProt: P14775, EC: 1.1.99.8

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非ポリマー , 4種, 1444分子

#3: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE


分子量: 330.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: A PRIMARY ALCOHOL + ACCEPTOR = AN ALDEHYDE + REDUCED ACCEPTOR. COFACTOR: BINDS ...CATALYTIC ACTIVITY: A PRIMARY ALCOHOL + ACCEPTOR = AN ALDEHYDE + REDUCED ACCEPTOR. COFACTOR: BINDS 1 PQQ GROUP AND 1 CALCIUM ION PER SUBUNIT. PQQ IS INSERTED BETWEEN DISULFIDE CYS130-CYS131 AND THE INDOLE RING OF TRP-270. SUBUNIT: HETEROTETRAMER COMPOSED OF 2 ALPHA AND 2 BETA SUBUNITS.
Has protein modificationY
配列の詳細CERTAIN RESIDUES HAVE NO DENSITY THEREFORE THESE HAVE BEEN MODELLED AS ALANINES. THE MISSING ATOMS ...CERTAIN RESIDUES HAVE NO DENSITY THEREFORE THESE HAVE BEEN MODELLED AS ALANINES. THE MISSING ATOMS FOR THESE RESIDUES ARE LISTED IN REMARK 470.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.933
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→20 Å / Num. obs: 373341 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 2.3

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解析

ソフトウェア名称: SHELXL-97 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→10 Å / Num. parameters: 106187 / Num. restraintsaints: 129254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1769 18605 5.3 %RANDOM
all0.1527 353944 --
obs0.1576 -85 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 11797.25
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10340 0 68 1437 11845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0318
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.074
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.127
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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