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- PDB-1lrr: CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI SEQA COMPLEXED WITH HEMIMETHYLATED DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lrr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI SEQA COMPLEXED WITH HEMIMETHYLATED DNA
要素
  • 5'-D(*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*TP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*T)-3'
  • SeqA protein
キーワードREPLICATION INHIBITOR/DNA / protein-dna complex / replication / methylated GATC / REPLICATION INHIBITOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SeqA-DNA complex / nucleoid organization / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / sister chromatid cohesion / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / response to radiation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity ...SeqA-DNA complex / nucleoid organization / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / sister chromatid cohesion / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / response to radiation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA, N-terminal / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain superfamily / SeqA protein C-terminal domain / SeqA protein N-terminal domain / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix ...Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA, N-terminal / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain superfamily / SeqA protein C-terminal domain / SeqA protein N-terminal domain / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Negative modulator of initiation of replication / Negative modulator of initiation of replication
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Guarne, A. / Zhao, Q. / Guirlando, R. / Yang, W.
引用ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2002
タイトル: Insights into negative modulation of E. coli replication initiation from the structure of SeqA-hemimethylated DNA complex
著者: Guarne, A. / Zhao, Q. / Guirlando, R. / Yang, W.
履歴
登録2002年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年5月29日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*TP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*TP*G)-3'
A: SeqA protein
D: SeqA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2026
ポリマ－44,2026
非ポリマー00
水66737
1
B: 5'-D(*CP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*TP*G)-3'
A: SeqA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1013
ポリマ－22,1013
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*CP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*TP*G)-3'
D: SeqA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1013
ポリマ－22,1013
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.493, 106.493, 49.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*T)-3'


分子量: 3607.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonuclotide
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*TP*G)-3'


分子量: 3732.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonuclotide
#3: タンパク質 SeqA protein


分子量: 14761.073 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues 51-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: seqA / プラスミド: pET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834(DE3) / 参照: UniProt: P36658, UniProt: P0AFY8*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, lithium sulphate, TRIS-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mg/mlprotein1drop
220-23 %(w/v)PEG40001reservoir
30.2 M1reservoirLi2SO4
40.1 MTris1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→25 Å / Num. all: 16344 / Num. obs: 16187 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 71.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 815 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.7 Å / % possible obs: 98.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: seqA-C

解像度: 2.65→23.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1110 6.9 %random
Rwork0.248 ---
all-16285 --
obs-16158 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 39.1035 Å2 / ksol: 0.300876 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---1.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.41 Å
Luzzati d res low-3 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→23.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1884 974 0 37 2895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg19.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.27
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree error% reflection obs (%)
2.65-2.770.5211447.20.49818570.04398.9
2.77-2.920.4551276.40.4118680.0499.5
2.92-3.10.3371517.50.35618660.02799.5
3.1-3.340.3331276.30.2718780.0399.4
3.34-3.670.2811346.60.25118870.02499.8
3.67-4.20.2591527.50.22718680.02199.9
4.2-5.280.2221527.40.20418980.01899.6
5.28-23.910.24812360.21119260.02297.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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