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- PDB-7asu: Crystal structure of tWHD1 of Rpc5 subunit of human RNA Polymerase III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7asu
タイトルCrystal structure of tWHD1 of Rpc5 subunit of human RNA Polymerase III
要素DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5
キーワードTRANSCRIPTION / RNA Pol III / RNA Polymerase III / Rpc5
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / RNA polymerase III complex / defense response to virus / innate immune response ...RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / RNA polymerase III complex / defense response to virus / innate immune response / DNA-templated transcription / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 / RPC5 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Vannini, A. / Abascal-Palacios, G. / Ramsay, E.P.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKCR-UK C47547/A21536 英国
Wellcome Trust200818/Z/16/Z 英国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission655238European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of human RNA polymerase III.
著者: Ewan Phillip Ramsay / Guillermo Abascal-Palacios / Julia L Daiß / Helen King / Jerome Gouge / Michael Pilsl / Fabienne Beuron / Edward Morris / Philip Gunkel / Christoph Engel / Alessandro Vannini /
要旨: In eukaryotes, RNA Polymerase (Pol) III is specialized for the transcription of tRNAs and other short, untranslated RNAs. Pol III is a determinant of cellular growth and lifespan across eukaryotes. ...In eukaryotes, RNA Polymerase (Pol) III is specialized for the transcription of tRNAs and other short, untranslated RNAs. Pol III is a determinant of cellular growth and lifespan across eukaryotes. Upregulation of Pol III transcription is observed in cancer and causative Pol III mutations have been described in neurodevelopmental disorders and hypersensitivity to viral infection. Here, we report a cryo-EM reconstruction at 4.0 Å of human Pol III, allowing mapping and rationalization of reported genetic mutations. Mutations causing neurodevelopmental defects cluster in hotspots affecting Pol III stability and/or biogenesis, whereas mutations affecting viral sensing are located in proximity to DNA binding regions, suggesting an impairment of Pol III cytosolic viral DNA-sensing. Integrating x-ray crystallography and SAXS, we also describe the structure of the higher eukaryote specific RPC5 C-terminal extension. Surprisingly, experiments in living cells highlight a role for this module in the assembly and stability of human Pol III.
履歴
登録2020年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2665
ポリマ－80,0041
非ポリマー2624
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.300, 56.300, 275.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 / RNA polymerase III subunit C5 / DNA-directed RNA polymerase III 80 kDa polypeptide


分子量: 80004.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR3E, KIAA1452 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NVU0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3.2 M NaCl, 100 mM Sodium Acetate pH 4.6 and 10 mM ZnCl2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001Y
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0410.9198
シンクロトロンDiamond I0320.97965, 0.97980, 0.971970
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2014年11月19日
DECTRIS PILATUS3 6M2PIXEL2015年2月13日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91981
20.979651
30.97981
40.971971
反射解像度: 2.23→48.01 Å / Num. obs: 13725 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 2.23→2.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.749 / Num. unique obs: 959
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1-3865精密化
xia20.3.8.0データ削減
xia20.3.8.0データスケーリング
PHENIX1.18.1-3865位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.23→45.97 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 --
Rwork0.18 --
obs-13725 100 %
原子変位パラメータBiso mean: 50.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1354 0 4 121 1479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00781401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84131895
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0104532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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