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万見
- PDB-1lr4: Room Temperature Crystal Structure of the Apo-form of the catalyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lr4
タイトルRoom Temperature Crystal Structure of the Apo-form of the catalytic subunit of protein kinase CK2 from Zea mays
要素Protein kinase CK2
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / CK2 / casein kinase 2 / dual-cosubstrate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase CK2 complex / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity ...protein kinase CK2 complex / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Niefind, K. / Puetter, M. / Guerra, B. / Issinger, O.-G. / Schomburg, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Inclining the purine base binding plane in protein kinase CK2 by exchanging the flanking side-chains generates a preference for ATP as a cosubstrate.
著者: Yde, C.W. / Ermakova, I. / Issinger, O.G. / Niefind, K.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the catalytic subunit of protein kinase CK2 from Zea mays at 2.1 A resolution
著者: Niefind, K. / Guerra, B. / Pinna, L.A. / Issinger, O.-G. / Schomburg, D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Expression, purification and crystallization of the catalytic subunit of protein kinase CK2 from Zea mays
著者: Guerra, B. / Niefind, K. / Pinna, L.A. / Schomburg, D. / Issinger, O.-G.
#3: ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 1999
タイトル: GTP plus water mimic ATP in the active site of protein kinase CK2
著者: Niefind, K. / Putter, M. / Guerra, B. / Issinger, O.-G. / Schomburg, D.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary characterization of crystals of human protein kinase CK2
著者: Niefind, K. / Guerra, B. / Ermakowa, I. / Issinger, O.-G.
#5: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of human protein kinase CK2: insights into basic properties of the CK2 holoenzyme
著者: Niefind, K. / Guerra, B. / Ermakowa, I. / Issinger, O.-G.
#6: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 1993
タイトル: Expression and characterization of a recombinant maize CK-2 alpha subunit
著者: BOLDYREFF, B. / MEGGIO, F. / DOBROWOLSKA, G. / PINNA, L.A. / Issinger, O.-G.
#7: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 1991
タイトル: Cloning and sequencing of the casein kinase 2 alpha subunit from Zea mays
著者: DOBROWOLSKA, G. / BOLDYREFF, B. / Issinger, O.-G.
履歴
登録2002年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2002年5月29日ID: 1A6O
改定 1.02002年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase CK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4112
ポリマ－39,2911
非ポリマー1201
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.550, 61.440, 45.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1226-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein kinase CK2 / Casein kinase II / alpha chain


分子量: 39291.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / プラスミド: pt7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P28523, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8.1 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %(w/v)PEG33501reservoir
2200 mMsodium acetate1reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoirpH8.1

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月2日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→26.2 Å / Num. all: 25896 / Num. obs: 24342 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rsym value: 0.106
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 1.7 % / Rsym value: 0.111 / % possible all: 84.9
反射
*PLUS
最低解像度: 26 Å / % possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 84.9 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Mean I/σ(I) obs: 4.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLORモデル構築
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BACKBONE OF CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 (PDB entry 1HCL)

1hcl


解像度: 2→26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23675 1247 5.1 %RANDOM
Rwork0.19254 ---
obs0.19487 23092 93.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.27 Å20 Å2-1.32 Å2
2--2.2 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2769 0 9 225 3003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212848
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.9553848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28735983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0693326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg15.71415552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.3704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2240.32508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.5216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1450.510
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.315
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2260.343
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4650.515
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.1420.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9261.51641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64922669
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3431207
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8054.51179
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.295 76
Rwork0.216 1523
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.193 / Rfactor Rfree: 0.237 / Rfactor Rwork: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.52
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.05 Å / Rfactor obs: 0.216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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