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- PDB-1lr0: Pseudomonas aeruginosa TolA Domain III, Seleno-methionine Derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lr0
タイトルPseudomonas aeruginosa TolA Domain III, Seleno-methionine Derivative
要素TolA protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Domain-Swapping / TolA / TonB
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin transport / toxin transmembrane transporter activity / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TonB C terminal / Tol-Pal system, TolA / Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2 / Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2 - #10 / TonB/TolA, C-terminal / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tol-Pal system protein TolA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.914 Å
データ登録者Witty, M. / Sanz, C. / Shah, A. / Grossman, J.G. / Mizuguchi, K. / Perham, R.N. / Luisi, B.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: Structure of the periplasmic domain of Pseudomonas aeruginosa TolA: evidence for an evolutionary relationship with the TonB transporter protein.
著者: Witty, M. / Sanz, C. / Shah, A. / Grossmann, J.G. / Mizuguchi, K. / Perham, R.N. / Luisi, B.
履歴
登録2002年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TolA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8704
ポリマ－14,6171
非ポリマー2533
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: TolA protein
ヘテロ分子

A: TolA protein
ヘテロ分子

A: TolA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,60912
ポリマ－43,8503
非ポリマー7599
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.477, 78.477, 97.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-418-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TolA protein


分子量: 14616.770 Da / 分子数: 1 / 断片: Periplasmic Domain (residues 226-347) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: TOLA / プラスミド: pET-11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P50600
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 5% wt/v PEG 6000, 100 mM TrisCl, pH 8.0, and 1 mM ZnSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.0
30.05 %(w/v)octyl-glucoside1drop
45 %(w/v)PEG60001reservoir
5100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
61 mM1reservoirZnSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9791, 0.9611
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月30日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.96111
反射解像度: 1.914→19.84 Å / Num. all: 13441 / Num. obs: 13441 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.914→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.322 / % possible all: 94.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.914 Å / 最低解像度: 19.84 Å / Num. measured all: 263045 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.94 Å / % possible obs: 94.3 % / Rmerge(I) obs: 0.322

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.914→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.797 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22275 664 4.9 %RANDOM
Rwork0.18124 ---
all0.18325 13441 --
obs0.18325 13441 95.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.914→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数968 0 10 122 1100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.021993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1551.9551348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98332111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8513125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58615175
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.3231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.3862
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.590
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0880.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3460.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.260.329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3340.519
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0110.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7251.5635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.99921024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.813358
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7274.5324
LS精密化 シェル解像度: 1.914→1.964 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.374 24
Rwork0.236 294
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.914 Å / 最低解像度: 19.84 Å / Num. reflection obs: 12777 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.181 / Rfactor Rfree: 0.233 / Rfactor Rwork: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.06
X-RAY DIFFRACTIONr_plane_restr0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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