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- PDB-1lqt: A covalent modification of NADP+ revealed by the atomic resolutio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lqt
タイトルA covalent modification of NADP+ revealed by the atomic resolution structure of FprA, a Mycobacterium tuberculosis oxidoreductase
要素FprA
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP+ derivative / tuberculosis / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-adrenodoxin reductase activity / ferredoxin-NAD+ reductase activity / ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / ubiquinone biosynthetic process / NADP+ binding / peptidoglycan-based cell wall / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin-NADP+ reductase, adrenodoxin-type / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 4-OXO-NICOTINAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH-ferredoxin reductase FprA / NADPH-ferredoxin reductase FprA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Bossi, R.T. / Aliverti, A. / Raimondi, D. / Fischer, F. / Zanetti, G. / Ferrari, D. / Tahallah, N. / Maier, C.S. / Heck, A.J.R. / Rizzi, M. ...Bossi, R.T. / Aliverti, A. / Raimondi, D. / Fischer, F. / Zanetti, G. / Ferrari, D. / Tahallah, N. / Maier, C.S. / Heck, A.J.R. / Rizzi, M. / Mattevi, A. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: A covalent modification of NADP+ revealed by the atomic resolution structure of FprA, a Mycobacterium tuberculosis oxidoreductase.
著者: Bossi, R.T. / Aliverti, A. / Raimondi, D. / Fischer, F. / Zanetti, G. / Ferrari, D. / Tahallah, N. / Maier, C.S. / Heck, A.J.R. / Rizzi, M. / Mattevi, A.
履歴
登録2002年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FprA
B: FprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,54917
ポリマ－98,8082
非ポリマー3,74115
水33,5801864
1
A: FprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2458
ポリマ－49,4041
非ポリマー1,8417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3049
ポリマ－49,4041
非ポリマー1,9008
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.335, 89.215, 160.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FprA / ferredoxin NADP reductase


分子量: 49403.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05783, UniProt: P9WIQ3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-ODP / 4-OXO-NICOTINAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 760.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O18P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1864 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES-KOH1droppH7.0
310 %(v/v)glycerol1drop
45 mMdithiothreitol1drop
50.65 mMNADP+1drop
630 %(w/v)PEG40001reservoir
70.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6
80.2 Mammonium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月31日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→20 Å / Num. all: 440216 / Num. obs: 440216 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.05→1.11 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 62782 / Rsym value: 0.485 / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 1170509
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BEASTモデル構築
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E1L

1e1l


解像度: 1.05→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / SU B: 0.756 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.153 2200 -RANDOM
Rwork0.13393 ---
all0.1339 440131 --
obs0.13393 440131 95.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6908 0 248 1864 9020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0217499
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7471.99810336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.918316156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0863967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.938151304
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.21209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3950.31853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.37460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.9870.56
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2410.51497
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.3070.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4260.322
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2390.395
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3020.5129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0940.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4681.54661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17227594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it332838
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4984.52737
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.38227499
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.89551881
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.94757344
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 184
Rwork0.3 31536
obs-31536
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 0.5 % / Rfactor Rwork: 0.134
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.747

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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