[日本語] English
万見
- PDB-1lq1: DNA Complexed Structure of the Key Transcription Factor Initiatin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lq1
タイトルDNA Complexed Structure of the Key Transcription Factor Initiating Development in Sporulation Bacteria
要素
  • 5'-D(*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3'
  • Stage 0 sporulation protein A
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Spo0A / transcriptional activation and repression / 0A box / DNA complexed structure / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of stimulus / single-species surface biofilm formation / positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / cell septum assembly / asymmetric cell division / sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphorelay signal transduction system / DNA-binding transcription factor activity / calcium ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription ...detection of stimulus / single-species surface biofilm formation / positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / cell septum assembly / asymmetric cell division / sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphorelay signal transduction system / DNA-binding transcription factor activity / calcium ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sporulation transcription factor Spo0A / Sporulation initiation factor Spo0A, C-terminal / Sporulation initiation factor Spo0A C terminal / : / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...Sporulation transcription factor Spo0A / Sporulation initiation factor Spo0A, C-terminal / Sporulation initiation factor Spo0A C terminal / : / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Stage 0 sporulation protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhao, H. / Msadek, T. / Zapf, J. / Madhusudan / Hoch, J.A. / Varughese, K.I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: DNA complexed structure of the key transcription factor initiating development in sporulating bacteria.
著者: Zhao, H. / Msadek, T. / Zapf, J. / Madhusudan / Hoch, J.A. / Varughese, K.I.
履歴
登録2002年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3'
F: 5'-D(*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
G: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3'
H: 5'-D(*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
A: Stage 0 sporulation protein A
B: Stage 0 sporulation protein A
C: Stage 0 sporulation protein A
D: Stage 0 sporulation protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1798
ポリマ－73,1798
非ポリマー00
水4,396244
1
E: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3'
F: 5'-D(*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
C: Stage 0 sporulation protein A
D: Stage 0 sporulation protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5894
ポリマ－36,5894
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3'
H: 5'-D(*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
A: Stage 0 sporulation protein A
B: Stage 0 sporulation protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5894
ポリマ－36,5894
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.917, 83.301, 91.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is the tandem dimer between two Spo0AC.

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3'


分子量: 4910.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'


分子量: 4884.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
Stage 0 sporulation protein A / Transcription factor Spo0A


分子量: 13397.535 Da / 分子数: 4 / Fragment: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: SPO0A / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06534
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG3350, sodium chloride, calcium chloride, tris-HCl, iso-propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG335011
2NaCl11
3CaCl11
4tris-HCl11
5iso-propanol11
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 53 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 %1drop
2100 mMTris-HCl1reservoirpH7.0
3100 mM1reservoirNaCl
42 mM1reservoirCaCl2
52 %isopropanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月21日
詳細: 58 cm long, Pt-coated, fused silica, vertical focus mirror; Cyclindrically bent triangular Si(111) asymmetric cut, horizontal focus monochromator
放射モノクロメーター: horizontal focus monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 37147 / % possible obs: 0.951 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 44.144 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3377 / Rsym value: 0.646 / % possible all: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 32507 / % possible obs: 0.957 % / Num. measured all: 243795 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.2 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: OVERALL ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1640 5 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.23 33855 --
obs0.2185 32181 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.27 Å20 Å2-21.85 Å2
2---9.41 Å20 Å2
3----8.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3365 1300 0 244 4909
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.372.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 227 5 %
Rwork0.346 4279 -
obs--80 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.23 / Rfactor obs: 0.2185 / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.14
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.409 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.346

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る