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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lou | ||||||
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タイトル | RIBOSOMAL PROTEIN S6 | ||||||
要素 | RIBOSOMAL PROTEIN S6 | ||||||
キーワード | RIBOSOME / PROTEIN FOLDING / TWO-STATE MODEL / TRANSITION STATE / REACTION COORDINATE / PROTEIN ENGINEERING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Otzen, D.E. / Kristensen, O. / Proctor, M. / Oliveberg, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Structural changes in the transition state of protein folding: alternative interpretations of curved chevron plots. 著者: Otzen, D.E. / Kristensen, O. / Proctor, M. / Oliveberg, M. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: High-Energy Channelling in Protein Folding 著者: Silow, M. / Oliveberg, M. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of the Ribosomal Protein S6 from Thermus Thermophilus 著者: Lindahl, M. / Svensson, L.A. / Liljas, A. / Sedelnikova, S.E. / Eliseikina, I.A. / Fomenkova, N.P. / Nevskaya, N. / Nikonov, S.V. / Garber, M.B. / Muranova, T.A. / Rykonova, A.I. / Amons, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lou.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lou.ent.gz | 21.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lou.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lou_validation.pdf.gz | 426.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lou_full_validation.pdf.gz | 427.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lou_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lou_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1lou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1lou | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1risS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11946.673 Da / 分子数: 1 / 変異: L30A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23370 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月23日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→52.9 Å / Num. obs: 8414 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.314 / % possible all: 94.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 62306 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.314 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RIS 解像度: 1.95→20 Å / SU B: 3.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.17
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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