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- PDB-1loj: Crystal structure of a Methanobacterial Sm-like archaeal protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1loj
タイトルCrystal structure of a Methanobacterial Sm-like archaeal protein (SmAP1) bound to uridine-5'-monophosphate (UMP)
要素small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / transcription / beta barrel / OB-fold / heptameric toroid / tetradecamer
機能・相同性
機能・相同性情報


pICln-Sm protein complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. ...snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / URIDINE / Putative snRNP Sm-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mura, C. / Kozhukhovsky, A. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: The oligomerization and ligand-binding properties of Sm-like archaeal proteins (SmAPs)
著者: Mura, C. / Kozhukhovsky, A. / Gingery, M. / Phillips, M. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of a heptameric archaeal Sm protein: Implications for the eukaryotic snRNP core
著者: Mura, C. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
履歴
登録2002年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
B: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
C: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
D: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
E: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
F: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
G: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
H: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
I: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
J: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
K: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
L: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
M: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
N: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,58442
ポリマ－135,03114
非ポリマー5,55328
水6,972387
1
A: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
B: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
C: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
D: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
E: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
F: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
G: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,21221
ポリマ－67,5167
非ポリマー2,69714
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16080 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
2
H: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
I: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
J: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
K: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
L: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
M: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
N: small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,37221
ポリマ－67,5167
非ポリマー2,85714
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18770 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area24020 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40670 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area42580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.254, 109.956, 83.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.81, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains a tetradecamer of SmAP1 monomers arranged with pseudo-72 point group symmetry. The biological assembly is thought to be the heptamer formed by chains A through G (or H through N). Any biological significance of the 14-mer in the asymmetric unit is unknown.

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要素

#1: タンパク質
small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like) / Sm-like archaeal protein SmAP1 / Putative snRNP Sm-like protein


分子量: 9645.075 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: full-length SmAP1 with additional 5-6 residues appended to the C-terminus (artefact of cloning vector)
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus / 株: delta H / 遺伝子: Mth649 / プラスミド: pET-22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O26745
#2: 化合物
ChemComp-U / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


タイプ: RNA linking / 分子量: 324.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン


分子量: 244.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: sodium citrate, ammonium acetate, MPD, sodium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月20日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 89378 / Num. obs: 89378 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): -1.73 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 8488 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JBM

1jbm


解像度: 1.9→19.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: No NCS-restraints applied at any point in the refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 4364 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.207 86242 --
obs0.207 86242 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.8996 Å2 / ksol: 0.339434 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.61 Å20 Å2-2.79 Å2
2--5.71 Å20 Å2
3----2.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8226 0 262 499 8987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.152.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 639 5.1 %
Rwork0.299 11836 -
obs--81.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MPD.PARAMMPD.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CAM_URD.PARAMCAM_URD.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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