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万見
- PDB-1log: X-RAY STRUCTURE OF A (ALPHA-MAN(1-3)BETA-MAN(1-4)GLCNAC)-LECTIN C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1log
タイトルX-RAY STRUCTURE OF A (ALPHA-MAN(1-3)BETA-MAN(1-4)GLCNAC)-LECTIN COMPLEX AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION
要素(LEGUME ISOLECTIN I ...) x 2
キーワードLECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lectin beta-1 and beta-2 chains / Mannose/glucose-specific lectin alpha 1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Lathyrus ochrus (マメ科)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bourne, Y. / Cambillau, C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: X-ray structure of a (alpha-Man(1-3)beta-Man(1-4)GlcNAc)-lectin complex at 2.1-A resolution. The role of water in sugar-lectin interaction.
著者: Bourne, Y. / Rouge, P. / Cambillau, C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Co-Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Lathyrus Ochrus Isolectin I with Di-and Trisaccharides and a Biantennary Octasaccharide
著者: Bourne, Y. / Anguille, C. / Rouge, P. / Fontecilla-Camps, J.-C. / Cambillau, C.
履歴
登録1994年1月27日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
B: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
C: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
D: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,54310
ポリマ－51,2624
非ポリマー1,2816
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
D: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2725
ポリマ－25,6312
非ポリマー6413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area9740 Å2
手法PISA
3
A: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
B: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2725
ポリマ－25,6312
非ポリマー6413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.100, 63.300, 54.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: ALA A 80 - ASP A 81 OMEGA = 351.76 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION ALA C 80 - ASP C 81 OMEGA = 345.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION CIS ...1: ALA A 80 - ASP A 81 OMEGA = 351.76 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION ALA C 80 - ASP C 81 OMEGA = 345.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION CIS PEPTIDE BOND BETWEEN ALA 80 AND ASP 81 FOR CHAINS *A* AND *C*.
2: GLY D 48 - THR D 49 OMEGA = 216.21 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

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LEGUME ISOLECTIN I ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)


分子量: 19847.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lathyrus ochrus (マメ科) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P04122
#2: タンパク質 LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)


分子量: 5783.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lathyrus ochrus (マメ科) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P12306

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 342分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: LEC1_LATOC SWISS-PROT RESIDUE PDB ATOM RECORDS NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE LYS 153 ALA A 153 PHE 41 TYR B 41 LYS 153 ALA C 153 PHE 41 TYR D 41

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: taken from Bourne, Y. et al. (1990). J. Mol. Biol., 213, 211-213.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
22 mM1dropCaCl2
3136 mMdisaccharide1drop
436-44 %MPD1reservoir
50.1 MHEPES1reservoir
60.1 M1reservoirNaCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 23795 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 4.4 / Num. measured all: 78639 / Rmerge(I) obs: 0.059

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→8 Å / Rfactor Rwork: 0.175 / Rfactor obs: 0.175 / σ(F): 1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3577 0 78 338 3993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.175 / Rfactor Rwork: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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