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- PDB-1lmc: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN BULGECIN, A BACTERIAL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lmc
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN BULGECIN, A BACTERIAL METABOLITE, AND LYSOZYME FROM THE RAINBOW TROUT
要素LYSOZYME
キーワードHYDROLASE (O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BULGECIN A / Lysozyme C II
類似検索 - 構成要素
生物種Oncorhynchus mykiss (アルビノ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Karlsen, S. / Hough, E.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structure of a complex between bulgecin, a bacterial metabolite, and lysozyme from the rainbow trout.
著者: Karlsen, S. / Hough, E.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structures of Three Complexes between Chitooligosaccharides and Lysozyme from the Rainbow Trout
著者: Karlsen, S. / Hough, E.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Refined Crystal Structure of Lysozyme from Rainbow Trout (Oncorhynchus Mykiss)
著者: Karlsen, S. / Eliassen, B.E. / Hansen, L.K. / Larsen, R.L. / Riise, B.W. / Smalaas, A.O. / Hough, E. / Grinde, B.
#3: ジャーナル: Tetrahedron / 年: 1984
タイトル: Structures of Bulgecins, Bacterial Metabolites with Bulge-Inducing Activity
著者: Shinagawa, S. / Kasahara, F. / Wada, Y. / Harada, S. / Asai, M.
履歴
登録1994年11月14日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Advisory / Data collection / Other
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8552
ポリマ－14,3031
非ポリマー5521
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.570, 76.570, 54.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME / MUCOPEPTIDE N-ACETYLMURAMYLHYDROLASE


分子量: 14303.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 器官: KIDNEY / 参照: UniProt: P11941, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-BUL / BULGECIN A


分子量: 551.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H29N3O14S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.78 %
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlbulgecin1drop
230-45 %satammonium sulfate1drop
30.1 Macetate1reservoir
40.1 Mcitrate1reservoir
50.1 Mphosphate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年3月17日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 10895 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 14.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.059

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESデータ収集
PROLSQ精密化
MADNESデータ削減
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
obs0.163 10895
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数999 0 35 110 1144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0490.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0810.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0410.06
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1970.03
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1850.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.43
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor17.420
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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