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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lla | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYGENATED LIMULUS POLYPHEMUS SUBUNIT II HEMOCYANIN AT 2.18 ANGSTROMS RESOLUTION: CLUES FOR A MECHANISM FOR ALLOSTERIC REGULATION | ||||||
要素 | HEMOCYANIN (SUBUNIT TYPE II) | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloride ion binding / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Limulus polyphemus (カブトガニ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.18 Å | ||||||
データ登録者 | Hazes, B. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of deoxygenated Limulus polyphemus subunit II hemocyanin at 2.18 A resolution: clues for a mechanism for allosteric regulation. 著者: Hazes, B. / Magnus, K.A. / Bonaventura, C. / Bonaventura, J. / Dauter, Z. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1991 タイトル: Hexamers of Subunit II from Limulus Hemocyanin (A 48-mer) Have the Same Quaternary Structure as Whole Panulirus Hemocyanin Molecules 著者: Magnus, K.A. / Lattman, E.E. / Volbeda, A. / Hol, W.G.J. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystal Structure of Hexameric Haemocyanin from Panulirus Interruptus Refined at 3.2 Angstroms Resolution 著者: Volbeda, A. / Hol, W.G.J. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: Structure of Hemocyanin II from the Horshoe Crab Limulus Polyphemus 著者: Nakashima, H. / Behrens, P.Q. / Moore, M.D. / Yokota, E. / Riggs, A.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lla.cif.gz | 141.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lla.ent.gz | 109.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lla_validation.pdf.gz | 417.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lla_full_validation.pdf.gz | 429.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lla_validation.xml.gz | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lla_validation.cif.gz | 39.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/1lla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/1lla | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO 599 IS A CIS PROLINE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72757.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Limulus polyphemus (カブトガニ) / 参照: UniProt: P04253 | ||||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | BASED ON OXYGEN BINDING STUDIES THAT MIMIC THE CRYSTALLIZATION CONDITIONS THE STRUCTURE IS BELIEVED ...BASED ON OXYGEN BINDING STUDIES THAT MIMIC THE CRYSTALLIZ | 配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: THE SEQUENCE HAS BEEN CHANGED IN THREE POSITIONS COMPARED TO THE ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: THE SEQUENCE HAS BEEN CHANGED IN THREE POSITIONS COMPARED TO THE PUBLISHED SEQUENCE (NAKASHIMA, 1986). DIFFERENCE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: taken from mangus, K.A. et al (1991). Proteins Struct. Funct. Genet., 9, 240-247. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.18 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 38255 / Rmerge(I) obs: 0.046 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.18→10 Å / Rfactor Rwork: 0.174 / Rfactor obs: 0.174 / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.18 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.9 |