[日本語] English
万見
- PDB-1lkd: CRYSTAL STRUCTURE OF 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE (DHBD)... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lkd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE (DHBD) COMPLEXED WITH 2',6'-DICL DIHYDROXYBIPHENYL (DHB)
要素BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / Extradiol dioxygenase / 2 / 3-Dihydroxybiphenyl / non-heme iron / Anaerobic / PCB biodegradation
機能・相同性
機能・相同性情報


biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase / biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase activity / xenobiotic catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. ...2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',6'-DICHLORO-BIPHENYL-2,6-DIOL / : / Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dai, S. / Bolin, J.T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Identification and analysis of a bottleneck in PCB biodegradation
著者: Dai, S. / Vaillancourt, F.H. / Maaroufi, H. / Drouin, N.M. / Neau, D.B. / Snieckus, V. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D.
履歴
登録2002年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2826
ポリマ－32,3781
非ポリマー9045
水5,873326
1
A: BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,25548
ポリマ－259,0218
非ポリマー7,23440
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area31700 Å2
ΔGint-526 kcal/mol
Surface area76880 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.640, 122.640, 107.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-9236-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE / 23OHBP oxygenase / 2 / 3-dihydroxybiphenyl dioxygenase / DHBD


分子量: 32377.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400
解説: Burkholderia sp. strain LB400 has been reclassifed. Prior publications may refer to this organism as pseudomonas sp. Strain LB400 or burkholderia cepacia strain LB400. See M.G.Fain,J.D. ...解説: Burkholderia sp. strain LB400 has been reclassifed. Prior publications may refer to this organism as pseudomonas sp. Strain LB400 or burkholderia cepacia strain LB400. See M.G.Fain,J.D.Haddock, Current Microbiol. (2001) 42:269-73
プラスミド: pLEBD4 / 発現宿主: Pseudomonas putida (バクテリア) / 株 (発現宿主): KT2442 / 参照: UniProt: P47228, biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-BP6 / 2',6'-DICHLORO-BIPHENYL-2,6-DIOL / 2′,6′-ジクロロビフェニル-2,3-ジオ-ル


分子量: 255.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8Cl2O2
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, t-Butanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
結晶化
*PLUS
温度: 5-10 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Han, S., (1995) Science, 270, 976.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118-22 %PEG40001reservoir
210-15 %t-butanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97833 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月10日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97833 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. all: 46029 / Num. obs: 46029 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.409 / % possible all: 73.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 2212442
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2808076.19 / Data cutoff high rms absF: 2808076.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2012 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all-40229 --
obs-40229 89.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.3977 Å2 / ksol: 0.413408 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.38 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.24 Å / Luzzati sigma a free: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2205 0 53 326 2584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1752
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.322.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 282 5.2 %
Rwork0.298 5184 -
obs--73.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2PEG.PARTOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMTOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4BP6.PARTOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMTOPOLOGY_INFILE_5
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.212
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0062
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る