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万見
- PDB-1lkc: Crystal Structure of L-Threonine-O-3-Phosphate Decarboxylase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lkc
タイトルCrystal Structure of L-Threonine-O-3-Phosphate Decarboxylase from Salmonella enterica
要素L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / CobD / L-threonine-O-3-phosphate / 1-amino-2-propanol-phosphate / PLP / decarboxylase / cobalamin
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine-phosphate decarboxylase / threonine-phosphate decarboxylase activity / cobalamin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Threonine-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cheong, C.G. / Bauer, C.B. / Brushaber, K.R. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Three-dimensional structure of the L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase (CobD) enzyme from Salmonella enterica.
著者: Cheong, C.G. / Bauer, C.B. / Brushaber, K.R. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
履歴
登録2002年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年5月1日ID: 1KUS
改定 1.02002年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
Remark 999SEQUENCE According to the authors, the GenBank entry is in error because the original DNA sequence ...SEQUENCE According to the authors, the GenBank entry is in error because the original DNA sequence had some errors. The electron density also supports it. The new sequence is Gln25, Ser30, Val42, Arg44 and Ala45. Arg44 lacks side chain density. The organism name in this GenBank entry is Salmonella typhimurium. Salmonella typhimurium has been changed to Salmonella enterica. Therefore, the two names are same.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3165
ポリマ－40,8501
非ポリマー4664
水3,873215
1
A: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子

A: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,63210
ポリマ－81,7002
非ポリマー9328
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area6210 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area26350 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.960, 101.550, 117.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1324-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase / CobD


分子量: 40849.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: cobD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97084
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium phosphate, KCl, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMHEPES1droppH7.0
2150 mM1dropNaCl
32 mMdithiothreitol1drop
410 mMprotein1drop
51.5 Mammonium phosphate1reservoir
620 mM1reservoirKCl
75 %glycerol1reservoir
850 mMBis-Tris propane1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.94645, 0.97915, 0.97926, 1.0205
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.946451
20.979151
30.979261
41.02051
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 37844 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.243 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1899 -random
Rwork0.203 ---
obs-37844 99.6 %-
溶媒の処理Bsol: 56.0846 Å2 / ksol: 0.362921 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.597 Å20 Å20 Å2
2--0.128 Å20 Å2
3---8.469 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2738 0 28 215 2981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.0361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.7792
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.6112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.212.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3pi.parapi.topo
X-RAY DIFFRACTION4plplys.paraplplys.topo
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.201 / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.69
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg14.3
X-RAY DIFFRACTIONc_plane_restr0.014
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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