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- PDB-1lj2: Recognition of eIF4G by Rotavirus NSP3 reveals a basis for mRNA c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lj2
タイトルRecognition of eIF4G by Rotavirus NSP3 reveals a basis for mRNA circularization
要素
  • NONSTRUCTURAL RNA-BINDING PROTEIN 34
  • eukaryotic protein synthesis initiation factor
キーワードViral protein/ translation / NSP3 / homodimer / eIF4G / Rotavirus / translation / mRNA / closed loop / coiled coil / Viral protein- translation COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / : / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / macromolecule biosynthetic process / cap-dependent translational initiation / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of cellular response to stress / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors ...positive regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / : / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / macromolecule biosynthetic process / cap-dependent translational initiation / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of cellular response to stress / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulation of translational initiation / positive regulation of protein localization to cell periphery / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of protein metabolic process / regulation of presynapse assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / behavioral fear response / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / cellular response to nutrient levels / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / energy homeostasis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of autophagy / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / translational initiation / lung development / ISG15 antiviral mechanism / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / positive regulation of cell growth / molecular adaptor activity / response to ethanol / host cell cytoplasm / postsynapse / ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nonstructural RNA-binding protein / Rotavirus non-structural protein NSP3 / NSP3 superfamily / Non-structural protein NSP3, N-terminal, rotavirus / Rotavirus non-structural protein NSP3 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 ...Nonstructural RNA-binding protein / Rotavirus non-structural protein NSP3 / NSP3 superfamily / Non-structural protein NSP3, N-terminal, rotavirus / Rotavirus non-structural protein NSP3 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Armadillo-type fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Non-structural protein 3 / Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Simian rotavirus A/SA11 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Groft, C.M. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Recognition of eIF4G by rotavirus NSP3 reveals a basis for mRNA circularization.
著者: Groft, C.M. / Burley, S.K.
履歴
登録2002年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NONSTRUCTURAL RNA-BINDING PROTEIN 34
B: NONSTRUCTURAL RNA-BINDING PROTEIN 34
C: eukaryotic protein synthesis initiation factor
D: eukaryotic protein synthesis initiation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6837
ポリマ－32,0924
非ポリマー5913
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.690, 74.040, 77.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細The assembly consists of an NSP3 homodimer bound to two fragments of eIF4G.

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要素

#1: タンパク質 NONSTRUCTURAL RNA-BINDING PROTEIN 34 / NSP3-C / NS34 / NCVP4 / non-structural protein NCVP4


分子量: 12842.396 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 変異: C306S C314S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian rotavirus A/SA11 (ウイルス)
生物種: Rotavirus A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03536
#2: タンパク質・ペプチド eukaryotic protein synthesis initiation factor / eIF4GI


分子量: 3203.653 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 132-159 of AAC82471 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence appear naturally in Homo sapiens / 参照: UniProt: Q04637
#3: 化合物 ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG-MME 550, glucose, theophylline, unbuffered, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 275K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
117 %PEG550 MME1reservoir
22.5 %(w/v)glucose1reservoir
31.5 mMtheophylline1reservoir
47 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.0447 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月1日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0447 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→20 Å / Num. all: 26535 / Num. obs: 24286 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.38→2.46 Å / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. obs: 26797 / Num. measured all: 110178 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.316

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
MLPHARE位相決定
CNS精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.38→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1589 6.5 %random
Rwork0.221 ---
all-26535 --
obs-24286 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2130 0 3 196 2329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.01
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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