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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1li5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cysteinyl-tRNA Synthetase | ||||||
要素 | CYSTEINYL-TRNA SYNTHETASE | ||||||
キーワード | LIGASE / TRNA SYNTHETASE / CYSTEINE / E.COLI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA ligase activity / ligase activity / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Newberry, K.J. / Hou, Y.-M. / Perona, J.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002 タイトル: Structural origins of amino acid selection without editing by cysteinyl-tRNA synthetase 著者: Newberry, K.J. / Hou, Y.-M. / Perona, J.J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Analysis of Escherichia Coli Cysteinyl-tRNA Synthetase 著者: Newberry, K.J. / Kohn, J. / Hou, Y.-M. / Perona, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1li5.cif.gz | 157.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1li5.ent.gz | 121.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1li5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1li5_validation.pdf.gz | 440.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1li5_full_validation.pdf.gz | 463.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1li5_validation.xml.gz | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1li5_validation.cif.gz | 41.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/1li5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/1li5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The active biological unit is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52271.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21888, cysteine-tRNA ligase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16% PEG 8000, 200 MM magnesium acetate, 1MM DTT, cacodylate, 5MM ATP, 10MM cysteine. 100 MM BUFFER, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月13日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→45 Å / Num. all: 46671 / Num. obs: 45949 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 6494 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 45 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2449639.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.9212 Å2 / ksol: 0.325178 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.2758 |