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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lhp | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pyridoxal Kinase from Sheep Brain | ||||||
要素 | Pyridoxal kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ALPHA-BETA STRUCTURE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Liang, D.C. / Jiang, T. / Li, M.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of brain pyridoxal kinase, a novel member of the ribokinase superfamily 著者: Li, M.H. / Kwok, F. / Chang, W.R. / Lau, C.K. / Zhang, J.P. / Lo, S.C. / Jiang, T. / Liang, D.C. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2002 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of pyridoxal kinase from sheep brain 著者: Li, M.H. / Kwok, F. / An, X.M. / Chang, W.R. / Lau, C.K. / Zhang, J.P. / Liu, S.Q. / Leung, Y.C. / Jiang, T. / Liang, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lhp.cif.gz | 129.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lhp.ent.gz | 102.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lhp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lhp_validation.pdf.gz | 422.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lhp_full_validation.pdf.gz | 433.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lhp_validation.xml.gz | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lhp_validation.cif.gz | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/1lhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/1lhp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer formed by the two peptide chains in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34860.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 組織: brain / 参照: UniProt: P82197, pyridoxal kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2000年11月19日 |
放射 | モノクロメーター: Silicon crystal(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 42820 / Num. obs: 42820 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2812 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 182984 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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