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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lh0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Salmonella typhimurium OMP Synthase in Complex with MGPRPP and Orotate | ||||||
![]() | OMP synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / loop closure / monomer closure / orotate phosphoribosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyrimidine ribonucleoside biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fedorov, A.A. / Panneerselvam, K. / Shi, W. / Grubmeyer, C. / Almo, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Salmonella typhimurium OMP Synthase in a Complete Substrate Complex. 著者: Grubmeyer, C. / Hansen, M.R. / Fedorov, A.A. / Almo, S.C. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of orotate phosphoribosyltransferase 著者: Scapin, G. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C. #2: ![]() タイトル: The crystal structure of the orotate phosphoribosyltransferase complexed with orotate and alpha-D-5-phosphoribosyl-1-pyrophosphate 著者: Scapin, G. / Ozturk, D.H. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23591.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PCG13 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 糖 | ChemComp-PRP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: tri-sodium citrate, PRPP, orotate, magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月2日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 29408 / Num. obs: 29408 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 26.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1ORO 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model / Bsol: 48.9 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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