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- PDB-1lgh: CRYSTAL STRUCTURE OF THE LIGHT-HARVESTING COMPLEX II (B800-850) F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lgh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE LIGHT-HARVESTING COMPLEX II (B800-850) FROM RHODOSPIRILLUM MOLISCHIANUM
要素(LIGHT HARVESTING COMPLEX ...) x 2
キーワードLIGHT HARVESTING COMPLEX / BACTERIOCHLOROPHYLL / DEXTER ENERGY TRANSFER / FOERSTER EXCITON TRANSFER MECHANISM / MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / LYCOPENE / Light-harvesting protein B-800/850 beta 1 chain / Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Phaeospirillum molischianum (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Koepke, J. / Hu, X. / Schulten, K. / Michel, H.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The crystal structure of the light-harvesting complex II (B800-850) from Rhodospirillum molischianum.
著者: Koepke, J. / Hu, X. / Muenke, C. / Schulten, K. / Michel, H.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Predicting the Structure of the Light-Harvesting Complex II of Rhodospirillum Molischianum
著者: Hu, X. / Xu, D. / Hamer, K. / Schulten, K. / Koepke, J. / Michel, H.
履歴
登録1996年3月20日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
B: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
D: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
E: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
G: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
H: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
J: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
K: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,49060
ポリマ－44,2638
非ポリマー19,22752
水1,15364
1
A: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
B: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
D: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
E: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
ヘテロ分子

A: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
B: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
D: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
E: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
ヘテロ分子

A: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
B: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
D: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
E: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
ヘテロ分子

A: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
B: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
D: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
E: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,573124
ポリマ－88,52716
非ポリマー39,046108
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
手法PQS
2
G: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
H: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
J: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
K: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
ヘテロ分子

G: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
H: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
J: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
K: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
ヘテロ分子

G: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
H: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
J: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
K: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
ヘテロ分子

G: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
H: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
J: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
K: LIGHT HARVESTING COMPLEX II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,388116
ポリマ－88,52716
非ポリマー37,861100
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.600, 91.600, 209.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.707105, -0.707109), (0.707109, 0.707105), (1)13.41508, -32.48959, 0.02748
2given(0.954698, -0.297576), (-0.297576, -0.954698), (-1)2.19276, 13.62018, 105.85023
3given(0.461659, -0.887057), (-0.887057, -0.461659), (-1)24.69424, 40.61299, 105.82622
詳細THE DEPOSITOR PROVIDED ONE ALPHA CHAIN, ONE BETA CHAIN, AND ASSOCIATED HET GROUPS AND WATERS. USING THE TRANSFORMATIONS ON MTRIX RECORDS BELOW, THE PDB GENERATED THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT, CONSISTING OF FOUR ALPHA CHAINS, FOUR BETA CHAINS, AND ASSOCIATED HET GROUPS AND WATERS. ALPHA AND BETA CHAINS HET GROUPS AND WATERS A, B C D, E F G, H I J, K L

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要素

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LIGHT HARVESTING COMPLEX ... , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: タンパク質
LIGHT HARVESTING COMPLEX II / LH II / B800/850


分子量: 5944.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phaeospirillum molischianum (走磁性) / 株: DSM 119 / 参照: UniProt: P97253
#2: タンパク質・ペプチド
LIGHT HARVESTING COMPLEX II / LH II / B800/850


分子量: 5120.873 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phaeospirillum molischianum (走磁性) / 株: DSM 119 / 参照: UniProt: P95673

-
非ポリマー , 5種, 116分子

#3: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#4: 化合物
ChemComp-LYC / LYCOPENE / 15-cis-リコペン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#5: 化合物
ChemComp-DET / UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / ウンデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 215.375 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H29NO
#6: 化合物...
ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.7 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlLH-21drop
23.2 %(w/v)HPTO1drop
34 Mammonium sulfate1drop
43.0-3.3 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.009
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1989年9月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 31941 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル解像度: 2.4→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.311 / % possible all: 66.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AS A SEARCH MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT SERVED A COMPUTATIONALLY MODELLED OCTAMER OF ALPHA,BETA-HETERODIMERS BASED ON A HOMOLOGY OF THE LATTER TO THE ALPHA,BETA-HETERODIMER FROM RPS. ACIDOPHILA.

解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 -7 %
Rwork0.211 --
obs0.211 30309 87.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3096 0 1328 64 4488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.943
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.81
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d7.097
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.814
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg7.097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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