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- PDB-1lg2: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHITOTRIOSIDASE IN COMPLEX WITH ETHYLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lg2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHITOTRIOSIDASE IN COMPLEX WITH ETHYLENE GLYCOL
要素chitotriosidase
キーワードHYDROLASE / CHITINASE / CHITIN / GAUCHER
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / response to bacterium ...endochitinase activity / polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / response to bacterium / specific granule lumen / tertiary granule lumen / lysosome / immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fusetti, F. / Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure of Human Chitotriosidase. Implications for Specific Inhibitor Design and Function of Mammalian Chitinase-Like Lectins.
著者: Fusetti, F. / Von Moeller, H. / Houston, D. / Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W. / Boot, R.G. / Aerts, J.M. / Van Aalten, D.M.
履歴
登録2002年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年6月20日Group: Data collection
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chitotriosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0956
ポリマ－40,7851
非ポリマー3105
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.173, 47.285, 84.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 chitotriosidase


分子量: 40784.695 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 22-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): BHK / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: Q13231
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶化
*PLUS
pH: 8.7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMTris-HCl1droppH8.7
27.7 mg/mlprotein1drop
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
430 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月1日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 20542 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 22.184 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 1330 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 13.4 Å / Num. obs: 20533 / 冗長度: 3.6 % / Num. measured all: 73055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 % / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 1330 / Num. measured obs: 4290 / Mean I/σ(I) obs: 4.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN CHITOTRIOSIADSE TETRAGONAL CRYSTAL FORM

解像度: 2.1→23.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1089189.58 / Data cutoff high rms absF: 1089189.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2077 10.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 20524 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.1673 Å2 / ksol: 0.395364 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å2-0.28 Å2
2---2.03 Å20 Å2
3---2.73 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.26 Å / Luzzati sigma a free: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→23.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2797 0 20 201 3018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.862.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 336 10.1 %
Rwork0.191 2989 -
obs--97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2CHITO_CIS_PEPTIDE.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5EG.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 13.4 Å / Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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