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- PDB-1lf9: CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIAL GLUCOAMYLASE COMPLEXED WITH ACARBOSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lf9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIAL GLUCOAMYLASE COMPLEXED WITH ACARBOSE
要素GLUCOAMYLASE
キーワードHYDROLASE / (alpha/alpha) barrel / 6 alpha-helical hairpin torroid / super beta sandwich / carbohydrase family GH15 / acarbose
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan 1,4-alpha-glucosidase / glucan 1,4-alpha-glucosidase activity / glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glucoamylase, bacterial / Glucodextranase, N-terminal / Glucodextranase, domain N / : / Glucoamylase active site region signature. / GH15-like domain / Glycosyl hydrolases family 15 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycosyltransferase - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding ...Glucoamylase, bacterial / Glucodextranase, N-terminal / Glucodextranase, domain N / : / Glucoamylase active site region signature. / GH15-like domain / Glycosyl hydrolases family 15 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycosyltransferase - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-acarbose / : / Glucoamylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Aleshin, A.E. / Feng, P.-H. / Honzatko, R.B. / Reilly, P.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure and evolution of prokaryotic glucoamylase
著者: Aleshin, A.E. / Feng, P.-H. / Honzatko, R.B. / Reilly, P.J.
履歴
登録2002年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_remark / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE Author states the sequence of this crystal structure differs from the DNA sequence of ...SEQUENCE Author states the sequence of this crystal structure differs from the DNA sequence of GenBank entry AAC24003. The crystal structure has insertions at residue 125 and after residue 679. These differences are consistent with Genbank entry BAA02251.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOAMYLASE
B: GLUCOAMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6646
ポリマ－153,1812
非ポリマー1,4834
水12,142674
1
A: GLUCOAMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3323
ポリマ－76,5911
非ポリマー7422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: GLUCOAMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3323
ポリマ－76,5911
非ポリマー7422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.491, 102.931, 164.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The presumable biological assembly is a monomer, but the crystallographically observed dimer may also be functional

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要素

#1: タンパク質 GLUCOAMYLASE / GLUCAN 1 / 4-ALPHA-GLUCOSIDASE / 1 / 4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCOHYDROLASE / AMYLOGLUCOSIDASE / GAMMA- ...GLUCAN 1 / 4-ALPHA-GLUCOSIDASE / 1 / 4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCOHYDROLASE / AMYLOGLUCOSIDASE / GAMMA-AMYLASE / LYSOSOMAL ALPHA-GLUCOSIDASE / EXO-1 / 4-ALPHA-GLUCOSIDASE


分子量: 76590.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum (バクテリア)
株: DSM 571
参照: GenBank: 3243238, UniProt: O85672*PLUS, glucan 1,4-alpha-glucosidase
#2: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-acarbose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, Tris-HCl, Lithium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl1droppH7.5
214-16 %PEG33501reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
4200 mM1reservoirLi2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 70153 / Num. obs: 65095 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / % possible all: 83
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 268721
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 % / Rmerge(I) obs: 0.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LF6

1lf6


解像度: 2.2→29.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2983770.37 / Data cutoff high rms absF: 2983770.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 4621 7.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.194 64833 --
obs-64833 92.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.0398 Å2 / ksol: 0.348347 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.59 Å20 Å20 Å2
2--14.01 Å20 Å2
3----10.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10666 0 98 674 11438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.772.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight Biso Weight position
11RESTRAINX-RAY DIFFRACTION0.12830
22X-RAY DIFFRACTION0.15830
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 685 7.1 %
Rwork0.247 8925 -
obs--83.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACR_XPLOR_PAR.TXTACR_XPLOR_TOP.TXT
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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