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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lf2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PLASMEPSIN II FROM P FALCIPARUM IN COMPLEX WITH INHIBITOR RS370 | ||||||
![]() | Plasmepsin 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / plasmepsin / plasmodium falciparum / aspartic protease | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Asojo, O.A. / Afonina, E. / Gulnik, S.V. / Yu, B. / Erickson, J.W. / Randad, R. / Mehadjed, D. / Silva, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Ser205 mutant plasmepsin II from Plasmodium falciparum at 1.8 A in complex with the inhibitors rs367 and rs370. 著者: Asojo, O.A. / Afonina, E. / Gulnik, S.V. / Yu, B. / Erickson, J.W. / Randad, R. / Medjahed, D. / Silva, A.M. #1: ![]() タイトル: Novel uncomplexed and complexed structures of plasmepsin II, an aspartic protease from Plasmodium falciparum. 著者: Asojo, O.A. / Gulnik, S.V. / Afonina, E. / Yu, B. / Ellman, J.A. / Haque, T.S. / Silva, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 718 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 725.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37079.824 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 123-453 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET 22B (NOVAGEN) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-R37 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 35627 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 53 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 95 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 53 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.4 Å2 | |||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.267 |