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- PDB-1leh: LEUCINE DEHYDROGENASE FROM BACILLUS SPHAERICUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1leh
タイトルLEUCINE DEHYDROGENASE FROM BACILLUS SPHAERICUS
要素LEUCINE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors, NAD or NADP as acceptor / amino acid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, bacterial/archaeal / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase ...Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, bacterial/archaeal / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lysinibacillus sphaericus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Baker, P.J. / Turnbull, A.P. / Sedelnikova, S.E. / Stillman, T.J. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: A role for quaternary structure in the substrate specificity of leucine dehydrogenase.
著者: Baker, P.J. / Turnbull, A.P. / Sedelnikova, S.E. / Stillman, T.J. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Quaternary Structure Analysis of the Nad(+)-Dependent Leucine Dehydrogenase from Bacillus Sphaericus
著者: Turnbull, A.P. / Ashford, S.R. / Baker, P.J. / Rice, D.W. / Rodgers, F.H. / Stillman, T.J. / Hanson, R.L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Evolution of Substrate Diversity in the Superfamily of Amino Acid Dehydrogenases. Prospects for Rational Chiral Synthesis
著者: Britton, K.L. / Baker, P.J. / Engel, P.C. / Rice, D.W. / Stillman, T.J.
履歴
登録1995年6月9日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly_auth_evidence
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUCINE DEHYDROGENASE
B: LEUCINE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1722
ポリマ－78,1722
非ポリマー00
水2,090116
1
A: LEUCINE DEHYDROGENASE
B: LEUCINE DEHYDROGENASE

A: LEUCINE DEHYDROGENASE
B: LEUCINE DEHYDROGENASE

A: LEUCINE DEHYDROGENASE
B: LEUCINE DEHYDROGENASE

A: LEUCINE DEHYDROGENASE
B: LEUCINE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,6908
ポリマ－312,6908
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area27960 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area103500 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)138.400, 138.400, 121.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.514069, 0.857679, 0.01096), (0.857709, -0.514126, 0.003026), (0.00823, 0.007845, -0.999935)0.01877, 0.08177, 0.93003
2given(0.514069, 0.857679, 0.01096), (0.857709, -0.514126, 0.003026), (0.00823, 0.007845, -0.999935)0.01877, 0.08177, 0.93003
詳細THE MULTIMERIC STRUCTURES OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS LEUDH AND BACILLUS SUBTILIS HAVE BEEN REPORTED AS HEXAMERS ON THE BASIS OF GEL FILTRATION STUDIES; INDEED THE LEUCINE DEHYDROGENASE FROM BACILLUS SPHAERICUS WAS ALSO INITIALLY REPORTED AS A HEXAMER. HOWEVER THE X-RAY STRUCTURE IS MOST DEFINITELY A HOMOOCTAMER AND ON THE BASIS OF THE SEQUENCE IDENTITIES BETWEEN THE LEUDH'S FROM THE OTHER SPECIES, THEN THESE MUST ALL BE OCTAMERS AS WELL.

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要素

#1: タンパク質 LEUCINE DEHYDROGENASE


分子量: 39086.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lysinibacillus sphaericus (バクテリア)
参照: UniProt: Q7SIB4, EC: 1.4.1.9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5 mg/mlprotein1drop
20.1 MMES-NaOH1drop
31 mMEDTA1drop
41.8-2.1 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 MMES-NaOH1reservoir
61 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.912
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.8 Å / Num. obs: 57500 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射
*PLUS
Num. obs: 57499 / Num. measured all: 190002

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.201 --
all-56941 -
obs-56941 97 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5488 0 0 116 5604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.095
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.017
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.017

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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