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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lee | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PLASMEPSIN FROM P. FALCIPARUM IN COMPLEX WITH INHIBITOR RS367 | ||||||
要素 | Plasmepsin 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / plasmepsin / aspartic protease / plasmodium falciparum | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Asojo, O.A. / Afonina, E. / Gulnik, S.V. / Yu, B. / Erickson, J.W. / Randad, R. / Mehadjed, D. / Silva, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Structures of Ser205 mutant plasmepsin II from Plasmodium falciparum at 1.8 A in complex with the inhibitors rs367 and rs370. 著者: Asojo, O.A. / Afonina, E. / Gulnik, S.V. / Yu, B. / Erickson, J.W. / Randad, R. / Medjahed, D. / Silva, A.M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Novel uncomplexed and complexed structures of plasmepsin II, an aspartic protease from Plasmodium falciparum. 著者: Asojo, O.A. / Gulnik, S.V. / Afonina, E. / Yu, B. / Ellman, J.A. / Haque, T.S. / Silva, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lee.cif.gz | 88.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lee.ent.gz | 65.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lee.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lee_validation.pdf.gz | 759.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lee_full_validation.pdf.gz | 768.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lee_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lee_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/1lee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/1lee | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37079.824 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 123-453 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P46925, plasmepsin II |
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#2: 化合物 | ChemComp-R36 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 26322 / Num. obs: 23619 / % possible obs: 71 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 33 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 26322 / % possible obs: 71 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 33 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SME 解像度: 1.9→34.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 600592.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.482127 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / Rfactor Rfree: 0.296 / Rfactor Rwork: 0.264 |