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万見
- PDB-1ldp: CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE MHC CLASS I H-2LD WITH A MIXTURE OF B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ldp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MURINE MHC CLASS I H-2LD WITH A MIXTURE OF BOUND PEPTIDES
要素
  • (MHC CLASS I H- ...) x 2
  • (PEPTIDE) x 2
キーワードCOMPLEX (MHC I/PEPTIDE) / COMPLEX (MHC I-PEPTIDE) / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX / IMMUNOLOGY / CELLULAR IMMUNITY / PEPTIDE ANTIGEN / CELL SURFACE RECEPTOR / ANTIGEN RECEPTOR / ANTIGEN PRESENTATION / COMPLEX (MHC I-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Speir, J.A. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: Immunity / 年: 1998
タイトル: Structural basis of 2C TCR allorecognition of H-2Ld peptide complexes.
著者: Speir, J.A. / Garcia, K.C. / Brunmark, A. / Degano, M. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Structural Basis of Plasticity in T Cell Receptor Recognition of a Self Peptide-Mhc Antigen
著者: Garcia, K.C. / Degano, M. / Pease, L.R. / Huang, M. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
履歴
登録1998年3月15日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MHC CLASS I H-2LD
L: MHC CLASS I H-2LD
P: PEPTIDE
Q: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5466
ポリマ－44,9004
非ポリマー6462
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.400, 48.980, 84.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.95, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

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MHC CLASS I H- ... , 2種, 2分子 HL

#1: タンパク質 MHC CLASS I H-2LD


分子量: 31388.924 Da / 分子数: 1
断片: CHAIN H IS THE HEAVY CHAIN, PEPTIDE BINDING DOMAIN, CHAIN L IS THE LIGHT CHAIN OR BETA-2-MICROGLOBULIN
変異: HEAVY CHAIN TRUNCATED AFTER RESIDUE 274, B2M, LIGHT CHAIN TRUNCATED AFTER RESIDUE 99
由来タイプ: 組換発現
詳細: ASPARAGINE LINKED N-ACETYL-GLUCOSAMINE CARBOHYDRATES AT CHAIN H, N86 AND N176
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: MOST NUCLEATED CELLS / 細胞内の位置: CYTOPLASM, ER, CELL SURFACE / 遺伝子: H-2LD / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01897
#2: タンパク質 MHC CLASS I H-2LD


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 1
断片: CHAIN H IS THE HEAVY CHAIN, PEPTIDE BINDING DOMAIN, CHAIN L IS THE LIGHT CHAIN OR BETA-2-MICROGLOBULIN
変異: HEAVY CHAIN TRUNCATED AFTER RESIDUE 274, B2M, LIGHT CHAIN TRUNCATED AFTER RESIDUE 99
由来タイプ: 組換発現
詳細: ASPARAGINE LINKED N-ACETYL-GLUCOSAMINE CARBOHYDRATES AT CHAIN H, N86 AND N176
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: MOST NUCLEATED CELLS / 細胞内の位置: CYTOPLASM, ER, CELL SURFACE / 遺伝子: H-2LD / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01887

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 PQ

#3: タンパク質・ペプチド PEPTIDE


分子量: 743.870 Da / 分子数: 1
断片: CHAIN P IS A PEPTIDE, CHAIN Q IS A MODEL OF PEPTIDE QL9 DERIVED FROM P
由来タイプ: 天然
詳細: CHAIN P PEPTIDE IS THE NATURAL PRODUCT OF THE EXPRESSION SYSTEM. IT IS ACTUALLY A MODEL REPRESENTING THE ELECTRON DENSITY OF A MIXTURE OF BOUND PEPTIDES AVAILABLE IN THE PROTEIN EXPRESSION MEDIA.
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: タンパク質・ペプチド PEPTIDE


分子量: 1063.202 Da / 分子数: 1
断片: CHAIN P IS A PEPTIDE, CHAIN Q IS A MODEL OF PEPTIDE QL9 DERIVED FROM P
由来タイプ: 天然
詳細: CHAIN P PEPTIDE IS THE NATURAL PRODUCT OF THE EXPRESSION SYSTEM. IT IS ACTUALLY A MODEL REPRESENTING THE ELECTRON DENSITY OF A MIXTURE OF BOUND PEPTIDES AVAILABLE IN THE PROTEIN EXPRESSION MEDIA.
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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糖 , 2種, 2分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100MM SODIUM CACODYLATE, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.5M SODIUM BROMIDE, 30% PEG 8000, PH 6.5.
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlpeptide11
2100 mMsodium cacodylate11
30.2 Mammonium sulfate11
40.5 M11NaBr
530 %PEG800011

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-18 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月1日 / 詳細: DOUBLE-MIRROR FOCUSING CAMERAS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→15 Å / Num. obs: 11809 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 63.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.6 % / Num. unique obs: 926

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.825精密化
XDSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HOC

1hoc


解像度: 3.1→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: ONE B-VALUE PER RESIDUE / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
詳細: SOME LIBRARIES WERE MODIFIED IN-HOUSE TO PROVIDE MISSING CARBOHYDRATE AND PROTEIN SPECIFICATIONS. X-PLOR 3.1 ALSO WAS USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.371 556 6 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 7935 85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.192 Å20 Å2-6.204 Å2
2--2.918 Å20 Å2
3---1.274 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.35 Å
Luzzati d res low-6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3087 0 42 0 3129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.062 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 59 10.6 %
Rwork0.291 783 -
obs--72 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3_MOD.CHOTOPH3.CHO
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19SYED.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.825 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 7379 / Rfactor all: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.291

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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