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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ldi | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI GLYCEROL FACILITATOR (GLPF) WITHOUT SUBSTRATE GLYCEROL | ||||||
![]() | Glycerol uptake facilitator protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / GLYCEROL-CONDUCTING MEMBRANE CHANNEL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycerol channel activity / glycerol transmembrane transporter activity / urea transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / channel activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nollert, P. / Miercke, L.J.W. / O'Connell, J. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Control of the selectivity of the aquaporin water channel family by global orientational tuning. 著者: Tajkhorshid, E. / Nollert, P. / Jensen, M.O. / Miercke, L.J. / O'Connell, J. / Stroud, R.M. / Schulten, K. #1: ![]() タイトル: Structure of a Glycerol-Conducting Channel and the Basis for Its Selectivity 著者: Fu, D. / Libson, A. / Miercke, L.J. / Weitzman, C. / Nollert, P. / Krucinski, J. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is created by the crystallographic four-fold axis: -X+1, -Y+1, Z; -Y+1,X,Z; Y,-X+1,Z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29799.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: GLPF at 15-20 mg/ml, 100 mM Bicine, 28% (w/v) PEG 2000, 300mM MgCl2, 5 mMDTT, 15 % (v/v) xylose, 35 mM N-octyl-beta-D-glucoside, pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.9 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 10918 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.949 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.322 / % possible all: 83.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 64951 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.322 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FX8 解像度: 2.7→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |